В 1712–1714 гг. Местоблюститель Патриаршего Престола Рязанский митрополит Стефан (Яворский), временно управлявший Воронежской епархией, предпринял безуспешную попытку упразднить её и вернуть территорию Рязанской кафедре. В 1775 г. приазовские земли Воронежской епархии были переданы новообразованной Славянской епархии (см. ст. Днепропетровская и Павлоградская епархия), в 1788 г. часть северных и северо-западных территорий Воронежской епархии (430 храмов и шесть монастырей) отошла соседним епархиям. До конца XVIII в. в состав Воронежской епархии входил Елец (впоследствии в Орловской епархии). В 1797 г. шесть уездов Воронежской губернии были присоединены к Слободско-Украинской губернии. В конце XVIII в. Воронежские архиереи управляли областью Войска Донского (143 храма), частью Слободской Украины (99 храмов), а также 154 храмами в Тамбовской, Рязанской и Саратовской губерниях. В 1799 г., когда границы епархий были приведены в соответствие с границами губерний, эти храмы полностью или частично перешли под управление архиереев тех епархий, в которых они оказались; границы Воронежской епархии совпали с границами Воронежской губернии. В 1829 г. из Воронежской епархии была выделена Новочеркасская и Георгиевская епархия (см. Донская и Новочеркасская епархия). В 1926 г. к Воронежской епархии присоединилась территория Тамбовской епархии с городом Борисоглебском. В 1934 и 1954 гг. часть территории Воронежской епархии (включая новообразованную Белгородскую область) отошла Курской епархии. В 1954 г. из Воронежской епархии в Саратовскую и Ростовскую епархию перешли новообразованные Балашовская и Каменская области, в 1957 г. эти области были расформированы, их территории вернулись в Воронежскую епархию. В 1954 г. в Воронежскую епархию вошла территория новообразованной Липецкой области. 7 мая 2003 г. из Воронежской епархии была выделена Липецкая и Елецкая епархия, границы Воронежской епархии пришли в соответствие с границами Воронежской области.