Престолы храма были посвящены Богородичным праздникам: Рождеству, Введению во храм, Благовещению и Успению (главный престол) и дали название церкви – Пречистенская. С избранием в 1415 г. митрополита для Западной Руси великий князь Витовт провозгласил собор кафедральным митрополичьим. 15 февраля 1495 г. здесь проходила встреча дочери русского великого князя Ивана III Васильевича, великого княгини Елены Ивановны, будущей супруги великого князя литовского Александра Ягеллончика. Молебствия совершал архимандрит Макарий, в том же году возведённый в сан митрополита Киевского. В 1513 г. Елена Ивановна была погребена здесь, над гробницей установлена привезённая ею в приданое чудотворная Виленская «Одигитрия» икона Божьей Матери, позднее находившаяся в Свято-Троицком монастыре. В 1609 г. церковь перешла к униатам. Во время войн XVII в. была разрушена и пришла в запустение, в XIX в. её перестроили, одно время в ней находился анатомический театр. В 1865 г. под руководством профессора Александра Ивановича Резанова и академика Николая Михайловича Чагина началось восстановление Пречистенского собора, освящённого 22 октября 1868 г.; 12 ноября 1868 г. был освящён придел во имя святителя Алексия; в 1871 г. устроен и освящён придел во имя священномученика Макария Киевского. Церковь во имя великомученицы Параскевы Пятницы была сооружена в 1345 г. по повелению первой супруги великого князя Ольгерда Марии Ярославны, княжны витебской, которая была здесь погребена. Церковь в 1557 г. сгорела во время большого пожара, через три года была восстановлена с разрешения польского короля Сигизмунда II Августа и освящена в честь Богоявления Господня, но продолжала именоваться Пятницкой. В 1611 г., после очередного пожара, была передана Свято-Троицкому монастырю, в то время находившемуся под властью униатов. В 1655–1661 гг., когда город временно перешёл под власть царя Алексея Михайловича, Пятницкая церковь была восстановлена и передана православным. В 1698 г. её внутренний вид был устроен по образцу древнерусских храмов. В ней неоднократно молился император Пётр I в бытность свою в Вильно и крестил здесь арапа Ибрагима, предка Александра Сергеевича Пушкина. После 1796 г., когда обрушилась крыша, храм находился в руинах до 1864 г. По распоряжению генерал-губернатора края графа Михаила Николаевича Муравьёва-Виленского восстановление церковного здания было выполнено по проекту архитектора А. Марциновского под руководством Н.М. Чагина, в 1865 г. церковь была освящена. К числу древнейших христианских святынь Вильнюса исследователи относят церковь святителя Николая (Перенесенская). Первое упоминание об этой церкви относится к 1511 г., в 1514 г. по разрешению короля Сигизмунда I отстроена в камне князем Константином  Ивановичем Острожским наряду со Свято-Троицкой. В 1609–1827 гг. в числе других церквей города принадлежала униатам.