Функция осуществления связи между «Архиерейским Совещанием Российских Преосвященных» и архиерейским Синодом РПЦЗ была поручена епископу Торонтскому Михаилу (Донскову), викарию Канадской епархии. Исследователи отмечают, что самостоятельность возрождённого Архиерейского Совещания была значительным образом ограничена. Это проявилось, в первую очередь, в недопущении российских иерархов к участию в заседаниях архиерейского Синода РПЦЗ при абсолютной подотчётности деятельности Совещания Синоду. С 1996 г. на протяжении пяти последующих лет приходы «лазаревской» ветви Российской Катакомбной Церкви, вслед за своим духовным лидером архиепископом Лазарем (Журбенко), продолжали мирное пребывание в юрисдикции РПЦЗ. В 1998 г. обе епархии «лазаревской» ветви РПКЦ, находившиеся в юрисдикции РПЦЗ, прошли процедуру официальной регистрации под наименованием «Русская Истинно-Православная Церковь» (РИПЦ). В том же году митрополит Виталий (Устинов), первоиерарх РПЦЗ, издал указ, согласно которому данное наименование вводилось и в церковный оборот. В конце 2001 г. РПЦЗ раскололась на две части – РПЦЗ юрисдикции митрополита Лавра (РПЦЗ(Л)) и РПЦЗ юрисдикции митрополита Виталия (РПЦЗ(В)). Архиепископ Одесский Лазарь (Журбенко) и епископ Черноморский Вениамин (Русаленко), настроенные наиболее оппозиционно, вошли в состав РПЦЗ(В). Несогласованность новых архиерейских поставлений РПЦЗ(В) с архиепископом Лазарем (Журбенко) и епископом Вениамином (Русаленко) побудили последних заявить о своей отчуждённости от РПЦЗ(В), прекращении поминовения митрополита Виталия (Устинова) и сосредоточении высшей церковной власти в России вокруг состоявшего из них же самих «Архиерейского Совещания Российских Преосвященных». Митрополит Виталий (Устинов) в декабре 2001 г. начал переговоры с российскими архиереями, предлагая им на условиях компромисса сохранить единство с РПЦЗ(В) при получении значительной самостоятельности в церковном управлении. Вскоре в российских приходах РИПЦ было восстановлено поминовение имени митрополита Виталия (Устинова). 17 и 18 апреля 2002 г. в Воронеже проходило второе Всероссийское Совещание архиереев, духовенства и мирян РИПЦ. Главнейшим постановлением данного собрания было решение о необходимости скорого проведения хиротоний новых архиереев «Русской Истинно-Православной Церкви» и последующего преобразования «Архиерейского Совещания Российских Преосвященных» в архиерейский Синод РИПЦ. В августе 2002 г. архиепископ Лазарь (Журбенко) и епископ Вениамин (Русаленко) совершили целый ряд архиерейских посвящений. Решение об образовании новых епископских кафедр и учреждении кандидатур новых иерархов не были согласованы ни с Синодом РПЦЗ(В), ни с митрополитом Виталием (Устиновым), что породило новое обострение во взаимоотношениях «Архиерейского Совещания Российских Преосвященных» с Синодом РПЦЗ(В). Американские иерархи, составлявшие окружение престарелого митрополита Виталия (Устинова) и оказывавшие на него значительное влияние, поставили под сомнение каноничность новых архиереев РИПЦ. 14 ноября 2002 г. митрополитом Виталием (Устиновым) и архиепископом Варнавой (Прокофьевым) определение, согласно которому российские иерархи архиепископ Лазарь (Журбенко), епископ Вениамин (Русаленко) и все подчиняющееся им духовенство исключались из юрисдикции РПЦЗ(В). Не признав законности данного определения и учитывая старческую немощь 93-летнего митрополита Виталия (Устинова), испытывавшего сильное влияние со стороны своего окружения, российские архиереи продолжили номинальное богослужебное поминовение имени первоиерарха РПЦЗ(В).