Закон провозглашал светский характер государственной системы образования; религиозные организации получали право создавать учебные заведения и группы для духовного образования детей и взрослых, а также проводить обучение в иных формах. Закон различал в числе религиозных организаций религиозные общества (местные территориальные религиозные организации), религиозное управления и центры, монастыри, братства, миссионерские общества (миссии), духовные учебные заведения, а также объединения, состоящие из организаций и представленные своими центрами (управлениями). Религиозные организации признавались законом юридическими лицами с момента регистрации их устава. При этом в законе подробно рассматривалась только процедура регистрации устава низовой религиозной организации – религиозного общества. Для этого группа верующих в количестве не меньше десяти человек должна была подать заявление с приложением устава в исполнительный комитет районного или городского совета. В уставе должна была быть отражена принадлежность религиозного общества к религиозному объединению (т.е. конфессии), что требовало подтверждения от соответствующего религиозного управления или центра. Райисполком в течение месяца или (в особых случаях) трёх месяцев рассматривал заявление и принимал решение о регистрации устава религиозного общества. В случае отказа в регистрации устава религиозное общество могло обжаловать это решение в суде. В судебном порядке могло быть обжаловано и решение местного органа власти о прекращении деятельности религиозного общества за нарушение законодательства. Фактически вопреки ранним заявлениям руководства Совета по делам религий в Законе СССР 1990 г. сохранялся разрешительный, а не заявительный характер регистрации религиозных объединений. В законе была введена норма, согласно которой «уведомление государственных органов об образовании религиозного общества не является обязательным», но не имеющее государственной регистрации религиозное общество не обладало правоспособностью юридического лица. Заметной недоработкой закона, по мнению исследователей, была ст. 14, содержавшая положение о том, что религиозные объединения, центры и управления также подлежат регистрации по месту своего расположения в органах власти районного или городского уровня. Такое положение было отходом даже от норм советского законодательства, по которому учёт и регистрация всесоюзных и межреспубликанских религиозных центров вёл центральный аппарат Совета по делам религий СССР, а церковных епархиальных управлений и религиозных организаций регионального уровня – уполномоченные Совета по делам религий при облисполкомах. При этом в Законе СССР 1990 г. содержалось указание на возможность установления в законодательстве союзных и автономных республик иного порядка регистрации уставов религиозных организаций, что девальвировало нормы общесоюзного закона; признавались права религиозных управлений и центров создавать монастыри, религиозные братства и миссионерские организации, а также духовные учебные заведения, которые, однако, должны были быть зарегистрированы в «установленном законом порядке».