Представленный в ЦК КПСС законопроект получил одобрение Политбюро и в конце апреля 1988 г. был направлен в Совет Министров СССР. М.С. Горбачёв на встрече с Патриархом Московским и всея Руси Пименом (Извековым) 29 апреля 1988 г. сообщил о разработке нового закона о свободе совести, который, по его словам, должен был стать реальным результатом нового подхода к государственно-церковным отношениям в условиях перестройки и демократизации общества и положить начало сотрудничеству государства и церкви в деле нравственного оздоровления общества. Дальнейшая работа над проектом закона вновь затянулась, поскольку высшее партийное и государственное руководство не считало принятие нового религиозного законодательства вопросом первоочередной важности, а значительная часть руководящих работников центральных и особенно республиканских органов власти негативно относились к изменениям в области государственно-конфессиональных отношений и стремились затянуть согласование документа в своих ведомствах. Отрицательно на ход принятия закона «О свободе совести» повлияла и отставка К.М. Харчева, которого на посту председателя Совета по делам религий заменил Юрий Николаевич Христораднов. В конце 1988 г. законопроект был вновь возвращён в Совет по делам религий на доработку. В марте 1989 г. доработанный с участием различных учреждений и ведомств законопроект был передан в Президиум Верховного Совета СССР. Параллельно в мае 1989 г. законопроект рассматривался в Идеологической комиссии ЦК КПСС. В этот период впервые в истории Советского государства работа по подготовке закона о религиозных отношениях приобрела общественно-публичный характер. При Верховном Совете была образована комиссия из представителей государственных органов, общественных и религиозных организаций, преобразованная после первых относительно свободных выборов народных депутатов СССР весной 1989 г. в рабочую группу Комитета по законодательству Верховного Совета СССР во главе с депутатом Андреем Евгеньевичем Себенцовым. 6 сентября 1989 г. Президиум Верховного Совета СССР вернул законопроект в Совет по делам религий для обобщения полученных предложений от союзных и республиканских ведомств. В ноябре того же года доработанный законопроект был вновь направлен в Совет Министров СССР для согласования с правительствами союзных республик, общесоюзными и республиканскими ведомствами и учреждениями. 30 апреля 1990 г. Совет Министров СССР внёс в Верховный Совет СССР доработанный проект союзного закона «О свободе совести и религиозных организациях». В сопроводительном правительственном письме за подписью председателя Совета Министров СССР Николая Ивановича Рыжкова отмечалось, что необходимость подобного законопроекта вызвана политическими, социально-экономическими и идеологическими переменами в стране, а также международно-правовыми обязательствами СССР, соответствующими Итоговому документу Венской встречи стран – участников Совещания по безопасности и сотрудничеству в Европе от 15 января 1989 г. Н.И. Рыжков обратил внимание на то, что новый закон исходит из положений декрета 1918 г. «Об отделении церкви  от государства и школы от церкви», при этом впервые в истории советского законодательства кодифицируются в одном общесоюзном акте нормы о положении религии в СССР.