После того как результаты общенародного обсуждения законопроекта были обобщены, в середине сентября 1990 г. Комитет Верховного Совета СССР по законодательству с участием других комитетов Верховного Совета СССР и постоянных комиссий палат приступил к окончательной доработке проекта закона с учётом всех предложений и замечаний, поступивших в ходе обсуждения. Между тем некоторые союзные республики, декларируя верховенство собственного законодательства над общесоюзным, приступили к разработке своих законов о религиозных организациях, что ставило под сомнение саму возможность проведения в СССР единой конфессиональной политики. Так, в июне 1990 г. Верховный Совет Литовской ССР принял «Акт реституции положения Католической Церкви в Литве». В августе того же года Верховный Совет РСФСР приступил к срочной разработке собственного законопроекта и 13 сентября 1990 г. принял закон «О свободе вероисповеданий» в первом чтении. При этом председатель Комитета Верховного Совета РСФСР по свободе совести, вероисповеданию, благотворительности и милосердию депутат Вячеслав Сергеевич Полосин (в тот момент – священнослужитель Русской православной церкви, впоследствии перешёл в мусульманство) в письме на имя председателя Верховного Совета СССР Анатолия Ивановича Лукьянова заявил, что считает общесоюзный закон, регламентирующий деятельность религиозных объединений, ненужным, и предложил вместо него принять документ «Основы законодательства СССР о свободе совести», в котором были бы закреплены основные конституционные гарантии, а право решать вопросы повседневной жизнедеятельности религиозных организаций предоставить союзным республикам. Тем не менее, 1 октября 1990 г. закон «О свободе совести и религиозных организациях» был принят Верховным Советом СССР и в тот же день подписан Президентом СССР М.С. Горбачёвым. 9 октября текст закона был опубликован в газете «Известия» и вступил в юридическую силу. Закон был разделён на шесть глав и состоял из 31 статьи. В отличие от текста первоначального законопроекта 1988 г. закон не содержал в преамбуле упоминаний о «ленинских принципах отношения государства к религии», однако названия статей 5 («Отделение церкви от государства») и 6 («Отделение школы от церкви») выглядели как прямые отсылки к декрету 1918 г. Закон гарантировал «права граждан на определение и выражение своего отношения к религии, на соответствующие этому убеждения, на беспрепятственное исповедание религии и исполнение религиозных обрядов, а также социальную справедливость и равенство, защиту прав и интересов граждан независимо от отношения к религии». При этом указывалось, что «никто не может по мотивам своих религиозных убеждений уклоняться от исполнения установленных законом обязанностей», что касалось, прежде всего, военной службы. Закон декларировал равенство всех религий и вероисповеданий перед законом и невмешательство государства в деятельность религиозных организаций. Важной нормой, вводимой законом, был запрет на финансирование государством не только религиозных организаций (в этом документе повторялось положение декрета 1918 г.), но и пропаганды атеизма. Закон разрешал участие религиозных организаций в общественной жизни, но запрещал им поддерживать деятельность политических партий и осуществлять их финансирование.