В июле 1561 г. архимандрит Галактион подписал крестоцеловальную запись князя Василия Михайловича Глинского, в апреле 1562 г. – князя Ивана Дмитриевича Бельского (Собрание государственных грамот и договоров. Ч. 1). Предусматривалось его участие в поставлении митрополита Московского и всея Руси Афанасия (состоялось 5 марта 1564 г.). 3 января 1565 г. архимандрит Галактион ездил вместе с другими представителями духовенства к царю в Александровскую слободу. 8 апреля того же года он был поставлен «на Крутицу в епископы» («Полное собрание русских летописей», том 13). Незадолго до поставления Галактиона во епископа Сарского и Подонского новым настоятелем Новоспасского Преображенского монастыря стал архимандрит Антоний, который уже в этом качестве подписал 28 марта 1565 г. крестоцеловальную запись боярина Ивана Петровича Захарьина-Яковлева Хирона (Собрание государственных грамот и договоров), в апреле 1566 г. – князя Михаила Ивановича Воротынского (Собрание государственных грамот и договоров), 2 июля того же года – Приговорную грамоту Земского собора). В 1570/1571 г. архимандрит Новоспасского Преображенского монастыря Вассиан подписал крестоцеловальную запись князя Ивана Фёдоровича Мстиславского (Собрание государственных грамот и договоров). 29 апреля 1572 г. Вассиан участвовал в Соборе, который рассматривал вопрос о четвёртом браке царя Ивана IV Васильевича («Акты археологической экспедиции»,  том 1). В 1573/1574 г. архимандрит Вассиан сделал щедрый земельный вклад в костромской Ипатиевский во имя Святой Троицы мужской монастырь. Владислав Дмитриевич Назаров отметил, что, во-первых, вкладчик одаривал тот монастырь, который раньше возглавлял и из игуменов которого был поставлен архимандритом Новоспасского Преображенского монастыря; во-вторых, что крупная земельная собственность архимандрита и возможность свободно ею распоряжаться «лишний раз подтверждает, что древняя обитель жила не по общежительному уставу». Прямых указаний на дисциплинарный устав обители в XIV–XVI вв. в известных исследователям источниках нет, содержащаяся в монастырских актах XVI в. формула «архимандрит... з братьею», приход на настоятельство в Новоспасский Преображенский монастыря в 1540 гг. Нифонта (Кормилицына), раньше тесно связанного с общежительным Иосифовом Волоцким монастырём, а также устройство в Новоспасском Преображенском монастыре в XVII в. каменных трапезных как при Покровском, так и при больничном Никольском храмах позволяют исследователям предположить, что, по крайней мере, в XVII в. обитель формально была киновией. В пользу этого может свидетельствовать и посвящение описанного Павлом Алеппским храма обители во имя преподобного Сергия Радонежского.