Обращалось внимание на то, что в росписи Преображенского собора обители есть изображение преподобного Максима Грека, при этом подчёркивалось, что он был учителем архимандрита Саввы. В то же время, когда создавалась роспись (1689 г.), об архимандрите вряд ли могли помнить, не говоря уже о том, что Савва покинул настоятельство недобровольно и непочётно. Под 1538/1539 г. упоминается архимандрит Феодосий, который 2 июля 1542 г. был поставлен на Коломенскую кафедру («Полное собрание русских летописей», том 13). Не позднее 1543 г. на архимандритство заступил Нифонт (Кормилицын; впоследствии епископ) – постриженик и игумен Иосифова Волоколамского (Волоцкого) в честь Успения Пресвятой Богородицы мужского монастыря. В качестве архимандрита Новоспасского Преображенского монастыря он упоминается уже в акте 1543/1544 г. Андрей Иванович Плигузов отметил, что «Нифонт прибыл в Москву по протекции митрополита Макария в 1543 г. и получил в управление Новоспасский монастырь». 16 января 1547 г. архимандрит Новоспасского Преображенского монастыря участвовал в чине венчания Ивана IV Васильевича Грозного на царство («Полное собрание русских летописей», том 13). Авторы исторических описаний обители и некоторые современные исследователи полагают, что в Новоспасский Преображенский монастырь вывезли митрополита Московского и всея Руси Макария во время московского пожара 21 июня 1547 г. Эта версия, как полагают исследователи, восходит к Николаю Михайловичу Карамзину, который, в свою очередь, мог ориентироваться на летописные записи XVII в. Во всяком случае, в Мазуринском летописце указано, что «отвезоша его к Спасу на Новое едва жива» («Полное собрание русских летописей», том 31). Однако более последовательной, хронологически и топографически логичной, а потому внушающей доверие исследователям представляется запись в «Постниковском летописце», называющая местом временного пребывания Макария Новинский монастырь («Полное собрание русских летописей», том 34). В лествице настоятелей монастырей архимандрит Новоспасского Преображенского монастыря уступал архимандриту владимирского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря (который, однако, не всегда присутствовал на соборных заседаниях и богослужениях), с 1561 г. – также и архимандриту Троице-Сергиева монастыря, возглавлявшему список настоятелей русских монастырей, а с рубежа XVI и XVII вв. – ещё и архимандриту Чудова монастыря, при этом до конца XVII в. почти никогда не опускался ниже четвёртой позиции. В феврале 1555 г. Никифор, архимандрит Новоспасского Преображенского монастыря, участвовал в поставлении архимандрита Гурия (Руготина) на вновь открытую Казанскую кафедру («Полное собрание русских летописей», том 13); он же упоминается и в данной грамоте от 8 сентября 1558 г.