В инструкции послам, которые должны были передать королю решения и предложения участников православного Собора, указывалось, что они считают и признают Никифора представителем Константинопольского патриарха, пока за ним не будет обнаружено чего-либо «недостойного». В документе выражалось убеждение, что Никифор сумеет доказать свою невиновность. Всё это побуждало власти Речи Посполитой к организации судебного расследования, которое привело бы к дискредитации Никифора и тем самым дало бы повод усомниться в решении руководимого им Собора. В окружной королевской грамоте от 15 декабря 1596 г. участников Собора обвиняли в том, что они действовали, «взявши себе в товариство шпегов и зарадец наших – Никифор и инших греков». Доказательства справедливости выдвинутых обвинений должен был дать судебный процесс над Никифором. Князь К.К. Острожский был вынужден доставить Никифора в Варшаву, где в феврале 1597 г. собрался сейм. 11 марта начался судебный процесс. Официальный обвинитель (инстигатор) сказал, что Никифор в письмах побуждал султана к нападению на Речь Посполиту. Материалом для обвинения служили письма на греческом языке, отобранные у Яна Волошанина, слуги князя К.К. Острожского, ехавшего в Молдавию для покупки лошадей. В них их автор нелестно высказывался о поляках – что они «драпежные волки», писал, что, если бы султан хотел напасть на Польшу, «теперь бы мел час». Авторство писем обвинитель приписал Никифору. Однако проведённое расследование показало, что письма написал ехавший в Москву через Острог Пафнутий, митрополит Димотики. Князь К.К. Острожский был удовлетворён таким началом процесса. Положение изменилось, когда инстигатор выступил с другими обвинениями против Никифора и был поддержан одним из первых сановников государства – Яном Замойским. Всё это показывало, что нет оснований рассчитывать на положительный исход процесса, и К.К. Острожский, «слезами облившеся», 12 марта покинул сейм и уехал из Варшавы. Инстигатор характеризовал Никифора как человека, тесно связанного с двором султана, помогавшего туркам подчинять и грабить Молдавию, а теперь он устроил волнения в Речи Посполитой, чтобы султану было легче напасть на это государство. В этом положении Никифор проявил немалое мужество. Он затребовал материалы обвинения для ознакомления, а затем дал на них подробный ответ (на итальянском языке), в котором он эти обвинения опровергал. Никифор отметил, что нет доказательств его недостойных поступков в Константинополе, а свои связи с двором султана он использовал для помощи христианам в Османской империи. В Молдавии он также содействовал сохранению её автономии в Османской империи под властью христианских правителей. Что касается участия в переговорах с великим везиром Синан-пашой, то он принял в них участие по просьбе Иеремии Могилы и молдавских бояр (соответствующие письма были представлены), а заключённым договором правящие круги Речи Посполитой довольны. В ответ на заявление, что он не является представителем Константинопольского патриарха, Никифор представил пергаменную грамоту, скреплённую печатью, и подлинность её не оспаривалась.