После этого через своих посланцев М. Малинского и Лаврентия Древинского К.К. Острожский настаивал на том, чтобы Никифор мог принять участие в работе Собора, о созыве которого объявил король. Сигизмунд III ответил отказом, ссылаясь на то, что Никифор «до Волох Розвана привёл и с турки ся поразумевал». Это стало одной из причин решения православных созвать свой особый Собор. Одновременно король требовал представить ему Никифора, выдачи которого требуют молдавские власти. 10 сентября 1596 г. князь К.К. Острожский написал Сигизмунду III, что Никифор нездоров и, как только поправится, приедет к королю. В действительности к этому времени, по-видимому, было решено, что Никифор возглавит работу православного Собора, для участия в котором 16 сентября 1596 г. он пригласил Кирилла Лукариса (см. Кирилл I Лукарис) как представителя Александрийского патриарха. В октябре 1596 г. Никифор возглавил работу православного Собора в Бресте. Его роль объяснялась его особыми полномочиями. Правда, патриарх Иеремия II умер в 1595 г., но наряду с Иеремией полномочия Никифору предоставил Александрийский патриарх Мелетий I (Пигас), который стал после смерти Иеремии II местоблюстителем Константинопольского престола, а также наместники Антиохийского и Иерусалимского патриархов. Впрочем, права Никифора не оспаривались. Униатский митрополит Михаил (Рагоза) и королевские представители на Соборе обвиняли Никифора в шпионаже в пользу султана и требовали у князя К.К. Острожского его выдачи. Магнат обещал представить Никифора на сейм для разбирательства обвинений. Для православных авторитет Никифора был очевидным, и он руководил работой Собора вместе с Кириллом Лукарисом. От имени Никифора как представителя Константинопольской патриархии направлялись делегации духовенства к митрополиту и епископам – членам униатского Собора с предложением принять участие в православном Соборе. Когда в ответ на третье приглашение епископы – сторонники унии заявили о своём присоединении к Западной церкви, Никифор в речи, обращённой к участникам Собора, констатировал, что порвавшие с Восточной церковью пастыри превратились в волков, и следует отрешить их от занимаемых должностей и заменить достойными людьми. Он также призвал участников Собора сохранить свою веру. Участники православного Собора рассказали Никифору о действиях митрополита и епископов-униатов и сообщили о верности православию не только духовных лиц, но и многих мирян – шляхтичей и горожан. 9 октября было принято решение, правильность которого Никифор обосновал в большой речи. Митрополит и епископы, принявшие унию, были признаны «явными апостаты» – отступниками, было постановлено, чтобы они «изо всей шаты архиерейства были наги и отсужены». Следующим шагом стала рассылка грамот на места с сообщением о принятом решении и о мерах по организации духовной жизни. В архиве Львовского Успенского братства сохранился экземпляр грамоты от 11 октября, адресованный духовенству Митрополичьей области. Извещая о низложении митрополита и епископов, Никифор предписывал «иерейская совершати невозбранно во всей епархии... отцу Иродиону, протопопу менскому». На богослужении следовало поминать Константинопольского патриарха Гавриила, «донележе иные... вместо отверженных поставлены будут».