По мере формирования высокого иконостаса изображение Мельхиседека включается в праотеческий ряд (например, иконы из иконостасов Благовещенского собора Московского Кремля, середина – третья четверть XVI в.; Троицкой церкви Свияжска, конец XVI в., Государственный музей изобразительных искусств Республики Татарстан; Успенского собора Кириллова Белозерского монастыря, 1630 г., иконописец Ждан Дементьев; собора Рождества Пресвятой Богородицы Саввина Сторожевского монастыря, 1649–1650 гг., иконописец Степан Григорьев Рязанец «со товарищи»; церковь пророка Илии в Ярославле, 1647–1650 гг., и др.). В послереформенной иконописной традиции изображение Мельхиседека могли иногда помещать и на боковых алтарных дверях (например, в Рождественской (Строгановской) церкви Нижнего Новгорода, откуда происходят датированные 1723 г. иконы письма игумена Корнилия (Кирилла Уланова)). К периоду позднего искусства принадлежат иллюстрации к апокрифическому Житию Мельхиседека (миниатюры из рукописи, около 1600 г.). Исследователям известно, что в 1688 г. Иван Федосеев Богданов, Алексей Филиппов Гулинов, Елисей Иванов, Леонтий Карташёв, Михаил Селиверстов, Дмитрий Петров Фирсов и Иван Фомин написали на стенах в покоях царевны Татианы Михайловны притчу о Мельхиседеке. Как правило, Мельхиседек изображается старцем в царских одеждах (в дивитисии с драгоценным оплечьем, на голове венец) или в облачении священника (в саккосе, в плаще или в мантии с токами); иногда он, подобно пророку, показан с непокрытой головой, облачённым в хитон и гиматий. В поздней иконописи священническое облачение Мельхиседека нередко соответствует библейскому описанию одежд первосвященника Аарона: увенчан кидаром, в наперснике с 12 драгоценными камнями, в ефоде с яблоками и золотыми позвонками, в верхней ризе, стяжном хитоне и поясе (Ис. 28:4). Атрибутами для Мельхиседека могут служить различной формы сосуды с хлебом и вином, а также кадильница, жезл или свиток. В русских иконописных подлинниках сохранилось несколько вариантов описания облика Мельхиседека: «…Сед, брада доле Богословли (апостола Иоанна Богослова), на главе плат бел, венец царской порфира, наверху приволока» («Иконописный подлинник алфавитной редакции». Исторический музей, начало XVIII в.); «Мелхиседек в венце царском, в омофоре» («Сборник разного содержания» – Российская национальная библиотека); «Сед космат брада аки у Саваофа, венец на главе в с(..)ку с(вя)т(ите)льском, у Мельхиседека книга затворена» («Сборник разного содержания» – Российская национальная библиотека, 1694 г.). В некоторых подлинниках приводятся тексты, которые следует помещать на свитке: «Благословен Авраам Б(о)гу Вышнему Иже созда небо и землю и благословен Б(о)г Вышний иже предаде враги Аврааму в руце его» («Сборник – иконописный подлинник алфавитной редакции» – Российская национальная библиотека, XVII в.); «Г(о)с(по)ди Вседержителю Ты един творец н(е)б(е)си и земли и всей твари видимой и невидимой» («Иконописный подлинник» – Российская национальная библиотека). На иконах с изображением Мельхиседека часто в свитке исследователи встречают надписи о принесении им бескровной жертвы: «Аз и выкох жертву безкровну приносит во славу» (например, на иконе из праотеческого чина иконостаса в церкви пророка Илии в Ярославле).