30 июля того же года к Макарию пришла делегация челобитчиков по делу об устроении крестного хода. Он призвал их повиниться перед царём. На следующий день Макарий был арестован и посажен на цепь в богадельне (отписка Макария об обстоятельствах его ареста до настоящего времени не опубликована – Российский государственный архив древних актов). Исследователи полагают, что Макарий пробыл под арестом десять дней; 9 августа в Псков была направлена отписка о скором прибытии делегации Коломенского епископа Рафаила, и сразу после её получения, как сообщал Коломенский епископ Рафаил, Макарий был выпущен. 17 августа Макарий во главе духовенства встречал делегацию Коломенского епископа, служил с ним литургию, Рафаил, «с ним идучи, говорил и в печалех его утешал». Усилия переговорщиков увенчались успехом, и к 24 августа к крестному целованию было приведено около 3 тыс. псковичей. В 1650 гг. Макарий часто уезжал из своей епархии, будучи привлечённым к решению других общецерковных дел. 4 июня 1652 г. по царскому указу Макарий возглавил погребение Новгородского митрополита Аффония (на покое с 1649 г.), поскольку действующий Новгородский митрополит Никон в это время выехал в Соловецкий в честь Преображения Господня монастырь за мощами Московского митрополита Филиппа II (Колычева). Затем Макарий отправился в Москву, где во время избирательного церковного Собора 1652 г. был одним из 12 кандидатов на Патриарший престол. Макарий принимал участие в Соборах, состоявшихся весной 1654 г. (об исправлении богослужебных книг и обрядов) и в мае 1656 г. (о рассмотрении и одобрении книги «Скрижаль», где также было принято решение о проклятии протоиерея Ивана Неронова как двоеперстника и его единомышленников). Бо́льшую часть 1660 г. Макарий также провёл в Москве: 5 и 12 февраля присутствовал на государевых столах по случаю рождения царевны Марии и именин царевича Алексея. С 16 февраля по 14 августа Макарий участвовал в Соборе по делу об оставлении Патриаршего престола Никоном. По указанию Собора Макарий вместе с архиепископами Маркеллом Вологодским и Иларионом Рязанским, архимандритом московского Чудова в честь Чуда архангела Михаила в Хонех монастыря Павлом и игуменом Александрова монастыря Симоном готовил выписку из правил святых апостолов и святых отцов с целью рассудить «об отшествии бывшего патриарха Никона». Одновременно в марте-августе 1660 г. проходили соборные заседания по делу Суздальского архиепископа Стефана. На приговоре Собора от 23 марта 1660 г. стоит подпись Макария (Исторический музей). В 1664 г. Макарий удалился на покой в Гремячский монастырь в Пскове (см. псковский во имя святых бессребреников Космы и Дамиана мужской монастырь), где принял схиму под именем Михаил. Был погребён в притворе монастырской церкви во имя святых Космы и Дамиана.