1 марта Макарий ещё раз попытался успокоить восставших, «призвав чорных властей и всех градцких священников, пели молебны перед соборною церковью и к земской избе посылали по всех гражан звать к молебну». Псковичи пришли. Макарий обратился к ним с речью «и молебствовал, и им говорил всякими мерами», «чол на весь мир» крестоцеловальную запись, напоминая о верности царю. Однако горожане стали готовить присягу, чтобы «вместе стояти друг за друга за один человек». В отписке царю Макарий так охарактеризовал это начинание: «И то умыслили плутишка, которым хотелось добрых людей домы грабить». Архиепископ собрал городское духовенство («чорных властей и священников и дьяконов градцких всех») и поручил им запрещать принятие такой присяги любой ценой, «хотя б от них и до крови пострадать». В этот период Макарий фактически возглавил борьбу с восстанием, поскольку воевода был лишён свободы передвижений и даже свои отписки царю слал «тайно». Ситуация стабилизировалась к 9 марта, когда псковичи подготовили и направили царю свою челобитную. Но вскоре в Псков поступили известия о восстании в Новгороде, и волнения снова стали нарастать. 17 марта, в день царских именин, Макарий служил молебен в Спасо-Надолбине монастыре. После молебна «посадцкие и всяких чинов люди почали бить в колокол и архиепископа взяли миром», требуя выдать приказного человека, который помог бежать Ф. Емельянову. Макарий сказал, что человек этот от него бежал, тогда «миром… архиепископа водили по площади и посадили на чепь в богодельню, и сидел де архиепископ на чепи с час и просил сроку марта до 19-го числа, что ему тово приказнова человека сыскав отдать им». Сам Макарий добавляет, что люди на него и «камение подымали», и волочили по площади «часа четыре». Позднее, когда город был взят в осаду правительственными войсками князя Ивана Никитича Хованского, горожане снова приходили к собору, хотели вытащить Макария на площадь, и он был вынужден скрываться в алтаре. Недовольство затронуло даже архиепископский двор, поскольку Макарий запретил своим детям боярским выходить на бой с царскими войсками. В июле повстанцы отстранили Макария от управления архиерейским домом: «...До людей и до лошадей и до хлеба и до денег впредь тебе дела нет ни до чево, то все надобно городу» (для устрашения горожане открыли по хоромам архиепископа огонь из ружей). В то же время со стороны правительства в адрес Макария поступали требования более решительных действий. Так, в грамоте патриарха Иосифа от 26 июля 1650 г. Макарию предписывалось отлучать бунтовщиков от церкви, «запрещать и служить… не велеть» священникам, которые поддерживают мятеж, «за то их воровство и клятвопреступление... по своему разсмотрению, смотря по тамошнему делу, покамест они в чювство придут».