Цикл миниатюр, повествующих о явленных иконах из Ругодива (Нарвы) и их принесении на поклонение в Великий Новгород и в Москву в 1558 г. (Исторический музей), послужил прообразом для фресок ярославской церкви Николая Чудотворца (Николы Надеина), созданных мастерами во главе с Любимом Агеевым (1640–1641 гг., под записью XIX в.). В последний раз на страницах лицевой хроники образ Макария появляется в сцене погребения (Исторический музей). В правом верхнем углу Макарий изображён лежащим на своём дворе, на нём чёрный клобук, красная мантия, синий хитон. На первом плане он лежит в гробнице, в шапке с белой опушкой и золотым верхом, зелёном саккосе и белом омофоре, в руках Евангелие. Священник и царь держат над ним развёрнутый свиток, видимо, прощальную грамоту, положенную вместе с телом Макария. У святителя седая короткая борода, а волосы окрашены коричневым тоном. Часть нераскрашенных миниатюр с образом Макария была издана в томе 13 «Полного собрания русских летописей» с текстом «Царственной книги»: Макарий поставляет Пимена во архиепископа Великого Новгорода и Пскова, омовение мощей святых перед отъездом Пимена в Великий Новгород. Складывающееся со второй половины XVI в. почитание Макария как покровителя Москвы и местного чудотворца засвидетельствовано его иконными изображениями. Наиболее ранние из них связаны с московским Успенским собором. Икона с его образом находилась в Успенском соборе недалеко от раки Московского митрополита Ионы; о ней упоминается в самой ранней описи собора, составленной в 1609–1611 гг. Это была небольшая икона с образом святителя на зелёном фоне, без оклада. Исследователи полагают, что она была создана в последней четверти XVI в., как и складень с изображением «Моления московских чудотворцев» письма Истомы Савина (1586–1587 гг., ныне в Третьяковской галерее). На правой створке рядом с молением Московского митрополита Петра Макарий представлен молящимся между Фотием, митрополитом Московским, и блаженным Максимом Московским. Макарий облачён в золотой саккос, на нём зелёный омофор, на котором вышиты чёрные с золотом кресты; на голове святительская шапка, её верх украшен разноцветными камнями. Святитель совершает поясной поклон. У него короткие с проседью волосы и короткая округлая борода. В надписи совмещены греческое слово «святой», имя и сан Макария; сияние над святителем, как и на несохранившейся иконе в московском Успенском соборе, выполнено красками зелёного тона (празелень). В соборе Московских святых он известен на иконе «Святые в молении Христу» (по прориси, выполненной Василием Павловичем Гурьяновым с иконы второй половины XVII в.) – в верхнем ряду, оплечно, в шапке, с курчавыми волосами и средней длины бородой, на нимбе надпись: «Макарiй мит[рополит]».