Новый игумен Феодосий получил наказ «сыскивать» и возвращать в монастырь чернецов, живущих на посадах, наладить монастырскую бухгалтерию, принимать братию и вкладчиков с особенной осмотрительностью, а также «завести в монастыре сенадик, вседневную литию и вписати государские родители и вкладчитцкие». Эти меры не принесли желаемого результата – насельники стали покидать монастырь, и он запустел на двадцать лет. Архиерейской власти не всегда хватало, чтобы справиться с нестроениями. В 1634 г. Макарию пришлось обратиться в Москву с просьбой прислать нового архимандрита для тобольского монастыря вместо умершего Тарасия, поскольку, когда архиепископ «приказал ведать монастырь старцу Аркадию и чёрному попу Гелактиону», братия не приняла новой власти, и «чернецы бегают из монастыря, бродят по дворам и за монастырём ночуют». Макарий неоднократно сталкивался и с проблемами внутри архиепископского двора. В 1627 г. он написал царю и патриарху челобитную с жалобой на своего келейного старца Симеона, которой украл печать архиепископа и сам приложил к своей отпускной грамоте, чтобы выехать на Русь, а также о старце Корнилие, который играл в азартные игры, бежал из-под стражи и не постился. Более серьёзный конфликт произошёл в июне 1626 г., когда четверо архиепископских детей боярских, посланных в Сибирь вместе с первым архиепископом Киприаном, пожаловались царю и патриарху на притеснения со стороны Макария: «...Нам учёл тесноту чинити и налоги и насильство и изгоненье великое, и хлебнова жалования и денежнова с своего поезду нам по ся места... не давывал и впредь давати не хочет де, а гладом нас и наготою морит» («Русская историческая библиотека», том 8). Челобитчики обвинили Макария в корысти и даже казнокрадстве: «Что… денег заехал в казне и те денги не все написал в естех». К ним присоединился и казначей Савватей: «...Видя неправду и неустроение в вашем государьском дому Софейском, что всё идёт не к прибыли. А которые приходы хлебные и денежные от крестьян и из городов десетинные и подъездные и всякие доходы денежные, и те все в книги не пишутца; а на мне лишь толко положено имя казначейское, и мне от того в конец погибнути, а приходу никакова, опроче росходу, не ведаю» («Русская историческая библиотека», том 8). Из челобитных следует, что конфликт, скорее всего, был порождён ротацией при дворе архиепископа, когда Макарий прибыл в Тобольск со своими людьми. Сохранившиеся источники не дают оснований подозревать Макария в растратах. 31 мая 1636 г., менее чем через год после кончины Макария, «на седьмой неделе после Светлаго Воскресения, во вторник» («Полное собрание русских летописей», том 36), его останки были перезахоронены в тобольском Софийском соборе по инициативе и при участии нового Сибирского архиепископа Некктария (Теляшина).