Постоянной заботой Макария было решение проблемы нехватки священников в Сибири, которая ощущалась даже в крупных монастырях, а из городков и острогов шёл поток челобитных о бегстве попов и диаконов и запустении церквей. Ежегодно Макарий направлял царю и патриарху просьбы «о попах для многих церквей», но ситуация не улучшалась годами. В челобитной 1634 г. Макарий писал, что «в городах и острогах черными и белыми попамы скудно… и в твоих государевых городах и острогах многие люди помирают без покаяния и без причастия». Естественная убыль кадров не восполнялась, поскольку «вновь… из мирских людей в попы никто не ставится… А мне… из Тобольска… посылать некого: в Знаменском монастыре один черный поп, а в ружных храмах только по одному белому». Для обеспечения запроса Макария на священников (в Тюмень и Верхотурье по два иерея; в Енисейск, Туруханский острог, Берёзов, Сургут, Таборинскую слободу – по одному) в Европейской России был устроен «прибор» священников с тем, чтобы «излишек… отпустить в Сибирь, потому что в Сибирь попов надобно много». Правительство обещало выдать весьма щедрые средства «на подъём», хлебную и денежную ругу и платить оклад тем, кто отправятся служить в Сибирь. Год спустя в распоряжение Макария прибыли 17 священников и архимандрит. Много внимания Макарий уделял борьбе с торговлей женщинами, многожёнством и насилием, ставшими весьма распространённым явлением в регионе. Так, архиепископ сообщал в Москву, что «иные, государь, в Тобольске казачьи дети матерей своих бьют и давят; а иные казаки на Руси жён своих и детей пометали, а в Сибири поимают иных жён; а у иных, государь, казаков и в Сибири – на том городе жена, а на другом другая... от такового… их блуднаго, пребезаконнаго содомскаго житья быть не мощно». В 1626 г. в Москве рассматривалось дело енисейского воеводы Андрея Леонтьевича Ошанина, уличённого в похищении женщины и её продаже, а также в принуждении священника совершить обряд венчания между женатым мужчиной и замужней женщиной. Дело завершилось смещением воеводы и последующим духовным судом над ним. Однако в большинстве случаев на челобитные Макария из Москвы поступало распоряжение «сыскивать... и указ чинить по своему святительскому суду и разсмотренью: тот суд и сыск ево святительской». Предметом многих тревог Макария были и сибирские монастыри, которые являлись местом ссылки или предсмертного пострижения служилых людей (такая «братия» могла составлять до половины насельников). Архиепископ старался наладить монастырскую жизнь. В 1625 г. он удалил с должности игумена томского Успенского монастыря Евстратия. Были произведены детальная перепись имущества, разбор старой документации по монастырским вкладам, очные ставки.