С основания Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь был наделён обширными земельными владениями, основу которых составили земли великой старицы Марфы. 1 ноября 1631 г. царь Михаил Фёдорович пожаловал монастырю родовые вотчины Романовых – село Яганово Московского уезда и село Хабоцкое с волостью в Бежецком уезде. Также монастырю был передан Царицын (Знаменский) луг на берегу реки Москвы между Садовнической и Лужнецкой слободами. В XVII в. монастырю были пожалованы землевладения в Нижнеломовском, Переяславль-Рязанском и Ряжском уездах, а в XVIII в. – в Звенигородском уезде. Всего на крестьянских землях в 1646 г. находилось 223 крестьянских двора, а к 1700 г. – 299 дворов. Со своих вотчин Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь получал денежный и натуральный (масло, яйца, грибы, дрова, сено и солому) оброк, монастырские крестьяне отрабатывали барщину. Помимо этого монастырю принадлежали несколько мельниц и перевоз. С 1630 гг. Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь владел двором по Большому Знаменскому пер. напротив монастыря. Рядом с этим двором в 1693 г. был приобретён двор стольников И.Д. и С.Д. Плещеевых. Эти дворы сдавались в аренду. Некоторые помещения на территории монастыря в XVII в. также сдавались в аренду, в частности, калашникам. Ежегодно Московский в честь иконы «Знамение» мужской монастырь получал ругу в размере 28 руб. 81 коп., а также воск, вино, ладан и пшеницу для выпечки просфор. На престольные праздники в честь иконы Божьей Матери «Знамение» и преподобного Афанасия Афонского монастырю полагались денежные пожалования и «хлебные дачи» на братскую трапезу. Особые пожалования раздавались во время посещений монастыря членами царской фамилии и патриархом. Таким образом, средний ежегодный доход монастыря в XVII в. составлял менее 1 тыс. руб. Существенным дополнением к этой сумме были многочисленные частные вклады, особенно от семей Милославских, Хитрово, Заборовских и др. Своё имущество монастырю завещали Г.Я. и Ф.Я. Милославские. В XVIII в. доходы Московского в честь иконы «Знамение» мужского монастыря существенно сократились. В 1700 г. царь Пётр I повелел «денежную ругу и хлебную дачю отставить». Праздничные деньги выдавались только во время посещений монастыря царём. Монастырские вотчины перешли под управление Монастырского приказа и Коллегии экономии. Из доходов, поступавших с монастырских крестьян, царь Пётр I назначил Московскому в честь иконы «Знамение» мужскому монастырю ежегодное хлебное и денежное жалованье в размере 334 руб. 25,5 коп. и 20 руб. на строение монастыря; 9 руб. обитель получала за содержание колодников в кельях у задних ворот. Общая сумма ежегодного дохода не превышала 400 руб., и её едва хватало на покрытие текущих расходов.