Монастырский некрополь формировался с XVII в. Здесь хоронили насельников монастыря и духовных лиц, в том числе московского юродивого Карпа Мартемьянова (не позже 1669 г.), Архангельского и Сербословенского епископа Иоакима (Дьяковича; ум. в 1678 г.), государева иконника Симона Ушакова (ум. в 1686 г.) и его родственников, митрополита Рязанского и Муромского Авраамия (ум. в 1708 г.), архиепископа Льва (Юрлова; ум. в 1755 г.; в церкви преподобного. Афанасия Афонского). Одновременно складывался светский некрополь, где хоронили вкладчиков монастыря, представителей аристократических фамилий, приказных людей и жителей Китай-города. Предположительно здесь была усыпальница Милославских, рядом со Знаменским собором находился некрополь Кравковых и Ржевских (родственников Милославских), где были похоронены стольники и полковники С.М. Кравков (ум. в 1699 г.) и А.М. Кравков (ум. в 1727 г.), комнатный стольник М.А. Ржевский (ум. в 1696 г.), А.И. Ржевская (ум. в 1704 г.) и др. На паперти собора был некрополь Лихаревых, в том числе находилось захоронение генерал-лейтенанта Ивана Михайловича Лихарева (ум. в 1762 г.). В трапезной нижнего храма были погребены князья Голицыны, породнившиеся с Ржевскими и Лихаревыми, в том числе Прасковья Борисовна Голицына (урождённая Лихарева; ум. в 1742 г.) и её муж князь Иван Андреевич Голицын (ум. в 1741 г.), Степанида Матвеевна Багратион (урождённая Ржевская; ум. в 1762 г.), её первый муж князь Александр Иванович Голицын (ум. в 1728 г.) и сын князь Николай Алексеевич Голицын (ум. в 1751 г.). В 1752 г. княгиня С.М. Багратион устроила придел святителя Николая над могилой своих родственников. Монастырский некрополь был упразднён в 1771 г. Большинство надгробий было утрачено уже к середине XIX в. На стенах Знаменского собора сохранились некоторые белокаменные надгробные доски, внутри собора – митрополита Авраамия, Е.С. и И.М. Лихаревых, за алтарём – М.А. и А.И. Ржевских. Фрагменты надгробных досок находятся на южной стене собора.