Моисей проявил волю и в условиях продолжавшейся эпидемии холеры, из-за которой в город не могли приехать ректор, преподаватели и ученики, приступил к организации духовной семинарии, чтобы не потерять ещё один учебный год. 13 сентября 1830 г. Саратовская консистория издала указ об учреждении семинарии, 26 сентября было сформировано правление. 26 октября, когда в Саратов, наконец, приехали ректор и преподаватели, прошли торжества, посвящённые открытию духовной семинарии, задуманные Моисеем как важное событие в только что оправившемся от холеры городе (Государственный архив Саратовской области). В первый же учебный год был образован полный комплект двухлетних классов в трёх отделениях, набрано 289 учеников (декабрь 1830 г.). Моисей стремился организовать учебный процесс так же серьёзно, как в Киевской духовной академии. Посещал лекции, вникал в мелочи семинарской жизни, заботился о благосостоянии семинаристов. Моисей также занимался проблемой уездно-приходских училищ. По результатам проверки Саратовского духовного училища в 1829 г. он отстранил от должности некоторых преподавателей, велел исправить упущения, при его участии в Саратове были открыты два приходских училища – Ильинское (1830 г.) и Сретенское (1831 г.). Особой заслугой Моисея стало восстановление в Саратове древнего Крестовоздвиженского монастыря, долгое время остававшегося единственной женской обителью в епархии. С предложением возродить монастырь выступил предшественник Моисея епископ Пензенский и Саратовский Ириней (Нестерович), отправивший в Синод представление. 4 марта 1829 г. Моисей получил указ Синода исследовать вопрос, «есть ли надобность» в возобновлении монастыря (Государственный архив Саратовской области). Спустя полгода Моисей передал в Синод заключение, на которое 30 ноября 1829 г. последовал указ об открытии обители с возведением её во второй класс (открытие состоялось 16 марта 1830 г.). 12 марта 1832 г. указом Синода Моисей был назначен членом Синода и экзархом Грузии с возведением в сан архиепископа Карталинского и Кахетинского, 4 мая отбыл в Тифлис. Католикос-патриарх всей Грузии Кирион II (III) (Садзаглишвили) писал о Моисее как об опытном администраторе и хорошем начальнике, без ведома которого «не переписывалась в экзаршеской канцелярии ни одна ремарка». 30 августа 1833 г. тщанием Моисея в Тифлисе было открыто Попечительство о бедных духовного звания. Моисей погребён в патриаршем кафедральном соборе Тбилисский Сиони у северной алтарной двери. Участник похоронных мероприятий писал, что «во мнении паствы своей, начиная с первой правительственной особы и до последнего носильщика», Моисей стяжал «такие искренние слёзы от подчинённых, не осыпая их излишними милостями..., такую любовь у всего народа». По его свидетельству, с Моисеем пришли проститься не только православные, но и католики, армяне и лютеране.