К орнаментированным рукописям М.Я. Медоварцева рубежа ХV и XVI вв. исследователи относят Четвероевангелие (Исторический музей), её письмо отождествляется с Типографской рукописью Следованной Псалтири, но Щукинская по сравнению с ней менее парадная. Ранние рукописи М.Я. Медоварцева свидетельствуют о его связях с художественными кругами, а также о его роли не только как писца, но и как оформителя книг (создание орнамента, заставок, изящных маргинальных помет и т.д.), а также сообщают о его работе с высокопоставленными заказчиками. Так, в роскошно орнаментированном иллюстрированном Четвероевангелии 1507 г. (Российская национальная библиотека) запись сообщает, что «евангелистов писал Феодосий» (сын знаменитого иконописца Дионисия), а «золотом прописывал» М.Я. Медоварцев; рукопись выполнена «в дому великого чудотворца Николы Старого». Искусствоведы полагают, что М.Я. Медоварцев был также и создателем орнамента этой рукописи, которая входит в группу рукописей рубежа ХV и XVI вв., в которых создаются предпосылки будущего старопечатного орнамента, она «начинает собой новый этап в развитии нашего орнамента». В крупных инициалах отмечается «появление совершенно нового типа, отступающего от стилей, господствовавших в орнаменте этого времени». Заказчиком рукописи был видный государственный деятель Иван Иванович Третьяков-Ховрин, корреспондент преподобного Иосифа Волоцкого. Две рукописи с автографами М.Я. Медоварцева принадлежали государеву дьяку дипломату Борису Васильевичу Кутузову – «Апостол» последней четверти ХV в. (Исторический музей; в конце рукописи рукой М.Я. Медоварцева вписано апокрифическое «Послание апостола Павла к лаодикийцам») и список 16 Слов Григория Богослова (Исторический музей, 1491 г.; писец дьяк Гридя Калгавый (Кулгавый)); рукой М.Я. Медоварцева выполнена запись на нижних полях листов 1–5 о пожертвовании этой рукописи – «священноинок Логгин в 1509 г. дал книгу в Чудов в честь Чуда архангела Михаила в Хонех мужской монастырь». М.Я. Медоварцев также принимал участие в оформлении богато иллюстрированной и орнаментированной рукописи Слов Григория Богослова Российской государственной библиотеки (известна как рукопись князя Дмитрия Михайловича Пожарского, по имени знаменитого вкладчика ХVII в.). Рукой М.Я. Медоварцева выполнены ответственные места рукописи: начало текста первого Слова (под заставкой), тщательно выписанные киноварные пометы о количестве листов в каждом из 16 Слов, заголовки этих Слов, правка текста на некоторых листах. По предположению Е.В. Зацепиной, рукопись «была изготовлена для очень богатого и знающего заказчика, возможно, для великокняжеской или митрополичьей библиотеки». При написании Евангелия напрестольного 1520 гг. (Исторический музей) М.Я. Медоварцев выполнил нумерацию тетрадей, в тексты евангельских канонов (таблиц, указывающих параллельные чтения четырёх Евангелий) его рукой вписаны пояснительные мелкие киноварные строки (на листах 9–24). Сборник-конволют Российской национальной библиотеки отражает работу медоварцевских мастеров московского монастыря Николы Старого и писцов, сотрудничавших с кирилло-белозерским скрипторием Гурия (Тушина). В московской части конволюта содержатся, в частности, сделанные преподобным Максимом Греком переводы Житий, в основном, из текстов преподобного Симеона Метафраста. Количество текстов, написанных самим М.Я. Медоварцевым, сравнительно невелико, это – почерк писца-редактора, оформляющего текст (некоторые киноварные заголовки, начальные строки «чёрного» текста).