Весной 1888 г. на средства московского фабриканта М.В. Моргунова храм был заново отштукатурен. При Макарии было построено семь каменных и четыре деревянных корпуса, возведена каменная ограда. В монастыре развивалось рукоделие, работы сестёр были удостоены медали на Парижской выставке и похвальных листов. В годы Русско-турецкой войны 1877–1878 гг. община под началом Макарии изготовила 25 холщовых сорочек, 19 тёплых нагрудников и несколько пар чулок для нужд армии. Для ухода за ранеными обитель выделила несколько сестёр милосердия. В стенах общины находили приют множество нищих и калек. Доход приносил свечной завод, на котором трудились насельницы. 18 апреля 1884 г. по указу Синода община была преобразована в общежительный монастырь. 8 июля того же года состоялось его торжественное открытие, шесть насельниц были пострижены в мантию, несколько сестёр – в рясофор. В том же году Макария была возведена в сан игуменьи. По её ходатайству с сёстрами в название монастыря было включено слово «Александровский» в память об императоре Александре II, установлены совершение литургий и панихид с поминовением императора в дни важных событий его жизни, постоянное чтение Псалтири по нему. При монастыре было учреждено училище для девочек из бедных семей, в 1884 г. в нём было 25 учащихся. С самого начала руководства обителью Макария следила за строгим и неукоснительным соблюдением порядка богослужений, которые стали совершаться ежедневно. При ней в монастырь были приглашены два священника и дьякон. Кроме того, Макария сама обучала насельниц чтению. Для руководства хором настоятельница пригласила одарённого скрипача и композитора священника Алексея Зерцалова. Макария собиралась уйти на покой ещё в 1886 г., после смерти монахини Митрофании. В начале 1888 г. прошение Макарии об увольнении было удовлетворено. По её просьбе 18 марта того же года преемницей была назначена насельница белёвского монастыря монахиня Тихона (Ладыженская), которая следовала наставлениям Оптинских старцев. Белёвская игуменья Магдалина (Челищева) также указала на монахиню Тихону как на достойную преемницу преподобной. За усердные труды по устройству Никитской обители Макария была награждена наперсным крестом. Незадолго до кончины Макария приняла тайный постриг в схиму. Перед смертью передала преподобному Анатолию (Копьёву (Зерцалову) денежные средства для её поминания. Макария сама выбрала место своего захоронения, рядом с могилами сподвижниц монахини Евфросинии и казначеи Митрофании. На их могилах были установлены кресты с изображением Распятия, фонарь с лампадой и железная ограда. В 1987 г. имя Макарии было внесено в Собор Тульских святых. Опубликованы некоторые письма преподобных Льва (Наголкина) и Макария (Иванова) к Макарии (Сомовой), большинство писем хранится в рукописных фондах Оптиной пустыни (Российская государственная библиотека).