Церковь возобновлялась и, по мнению исследователей, перестраивалась в 1667, 1750 и 1808 гг. С юго-западной стороны к ней примыкал трёхэтажный каменный корпус с кладовой и архивом. В 1655 г. на царские вклады была устроена каменная холодная церковь преподобного Алексия, человека Божия, с тёплым левым приделом апостола Иоанна Богослова (1671 г.). К храму примыкали каменные больничные кельи, а в 1889 г. над ними надстроены деревянные. Церковь была покрыта железом и увенчана главой с железным вызолоченным восьмиконечным крестом. В 1752 г. при церкви была выстроена колокольня, и поставлен новый иконостас. В 1801–1802 гг. в приделе устроены резные царские врата и резной вызолоченный червонным золотом иконостас. Каменное строительство продолжилось в середине XVIII в. После бури 1850 г., повредившей Макариевскую церковь, над её первоначальным объёмом возвели два восьмерика. В 1752 г. в монастыре были построены двухэтажный настоятельский и двухэтажный наместнический корпуса. В 1884 г. на монастырские средства по проекту архитектора Василия Ильича Кузьмина была возведена тёплая каменная церковь в честь Успения Пресвятой Богородицы с подвальным этажом. Правый придел был освящён в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи, левый – во имя святителя Арсения, епископа Тверского, и мучеников Бориса и Глеба. Церковь отапливалась духовой печью, устроенной в подвале. В 1818–1822 гг. в Макариевом Калязинском монастыре была возведена каменная колокольня в стиле зрелого классицизма (около 62 м). Всего в монастыре насчитывалось колоколов: в 1853 г. – 14, в 1867 г. – 13, в 1894 г. – 12. Самый большой колокол весил 1038 пудов. В 1650 гг., во время эпидемии, в настоятельском (патриаршем) корпусе Макариева Калязинского монастыря проживал патриарх Московский и всея Руси Никон (Минов). К началу XX в. в монастыре располагался новый двухэтажный каменный настоятельский корпус, южный, главная часть которого построена в 1752 г., северная – в 1840 г. В западной части обители находился каменный наместнический корпус (1752–1753 гг.), в южной – двухэтажный братский корпус (1641 г.) с кухней, трапезной и кладовой. В 1776–1786 гг. в братском корпусе располагались присутственные места города Калязина. В документах 1753 г. упоминаются братские кельи на северо-западной и восточной сторонах. В 1839–1840 гг. были разобраны две каменные поварни (упоминаются в 1753 г.). В XVIII в. был разобран «Петровский дворец», построенный для приёма царя Петра I. До 1610 г. Макариев Калязинский монастырь был обнесён деревянными стенами. В 1644–1648 гг. отцом и сыном Шарутиными была построена ограда с девятью (в конце XIX в. – шестью) башнями длиной 730 м, высотой 8, толщиной 2,5 м. За оградой на южной стороне стоял древний каменный корпус с квасоварней и кладовой. С северной стороны к ограде был пристроен конный двор. В двух верстах к северу от Макариева Калязинского монастыря, в пустыни Сергеево, некогда находились монастырские кельи. С 1865 г. в Калязине к обители были приписаны каменная часовня (1860 или 1863 г.; в ней хранился крест, связанный с основанием Макариева Калязинского монастыря), а также двухэтажный странноприимный дом (1839–1842 гг.), в одном из флигелей которого располагались Рождественское мужское и Макариевское женское училища. В 1900 г. при монастыре открылась церковноприходская школа для девочек.