В 1939–1940 гг. в монастыре работала экспедиция музея архитектуры Академии архитектуры СССР во главе с Павлом Ивановичем Юкиным. Обмер собора и трапезной (наиболее значимых памятников) проходил с декабря 1939 г. по сентябрь 1940 г. В группу сотрудников Академии архитектуры вошли Анна Матвеевна Харламова, В.А. Каульбарс, И.Г. Шульман, Л. К. Любимов и другие. Реставратор П.И. Юкин осуществлял работы по снятию и сохранению фресок. Иван Ильич Леонидов (архитектор-конструктивист, один из наиболее ярких представителей авангардизма) и М. Чалый в 1940 г. изготовили модель «Калязинский монастырь – архитектурный памятник XVI–XVII вв.». В 1930 гг. были снесены все постройки монастыря. В конце 1940 г. каскад плотин был введён в строй. Библиотека и ризница монастыря, некоторые скульптурные фрагменты, росписи и чертежи были переданы в фонды Калининского (Тверского) государственного объединённого историко-архитектурного и литературного музея и его Калязинского филиала. Об архитектурном ансамбле дают представление материалы фондов Государственного научно-исследовательского музея архитектуры имени Алексея Викторовича Щусева (макет Троицкого собора, трапезной, данные обмеров построек), туда переданы 150 кв. м фресок Троицкого собора (больше сотни фрагментов). Там же – материалы по исследованию, обмерам и изъятию архитектурных фрагментов и фресок (1940 г.); также часть фресок, снятых со стен Троицкого собора, хранится в собраниях Историческойго музея, Русского музея, Государственного научно-исследовательского музея архитектуры имени А.В. Щусева, Тверского объединённого музея, Калязинского историко-краеведческого музея. Некоторые иконы вошли в фонд Музея древнерусской культуры и искусства имени Андрея Рублёва. После уничтожения Макариева Калязинского монастыря мощи преподобного Макария хранились в Калязинском краеведческом музее, а в 1988 г. были переданы в тверской храм во имя Святой Троицы («Белая Троица»). На монастырских островах, оставшихся после затопления территории, группой подвижников была возведена башня-часовня в знак возможного возрождения монастыря, туда совершаются поездки, там проводятся молебны. В Калязине был отреставрирован храм Вознесения Господня, в 2008 г. с территории бывшего городского кладбища был перенесён стадион, располагавшийся там в советское время. Около храма в 2009 г. был установлен памятник воеводе В.М. Скопину-Шуйскому. В 2012 г. решением епархиального совета по ходатайству благочинного Кимрского округа протоиерея Евгения Морковкина и настоятеля калязинского Введенского храма протоиерея Леонида Береснева мощи преподобного Макария по Волге крестным ходом были доставлены в Калязин для положения в Вознесенский храм. В 2012 и 2014 гг. в городе прошли Макариевские Калязинские чтения, посвящённые истории монастыря.