В 1899 г. торжественно отмечалось 50-летие служения Модеста в священном сане. 6 марта 1902 г. он заболел. 15 марта в присутствии духовника игумена Ипатия, эконома архиерейского дома иеромонаха Иоанникия, келейника Коссовского, он сделал распоряжения относительно своего имущества и библиотеки. 10 тыс. руб. велел отписать «в пользу» попечительства о бедных духовного звания, 3 тыс. руб. – на стипендию при Волынской духовной семинарии, 3 тыс. руб. – на завершение строительства Покровской церкви на старейшем кладбище Житомира. Значительные суммы разослал в монастыри, благотворительные учреждения, родным. 10 апреля того же года исполнилось 25 лет служения Модеста в святительском сане. Он готовился к пасхальной службе. В Великую субботу, 13 апреля, после возвращения из церкви «опустился на подушку и тихо, без всякой агонии, стал как бы засыпать». По поручению Синода отпевание Модеста совершил архиепископ Херсонский и Одесский Иустин (Охотин). 18 апреля гроб с телом архиерея опустили в склеп житомирского кафедрального Преображенского собора под главным алтарём, где находились гробницы архиепископов Агафангела (Соловьёва) и Тихона (Покровского). Модест был награждён орденами святой Анны второй степени (1865 г.), святой Анны второй степени с Императорской короной (1871 г.), святого Владимира четвёртой степени (1874 г.), святого Владимира третьей степени (1878 г.), святой Анны первой степени (1880 г.), равноапостольного великого князя Владимира второй степени (28 января 1887 г.), равноапостольного великого князя Владимира первой степени (28 марта 1888 г.), благоверного князя Александра Невского (14 мая 1896 г.), наперсным крестом, украшенным бирюзой и бриллиантами (30 августа 1890 г.). 6 мая 1901 г. указом Синода удостоен права ношения бриллиантового креста на клобуке. Действительный член Церковно-археологического общества при Киевской духовной академии (25 декабря 1875 г.), почётный член Церковно-археологического общества при Киевской духовной академии (1877 г.), почётный член Православного палестинского общества (1886 г.); пожизненный член нижегородского Православного епархиального братства святого благоверного князя Георгия Всеволодовича (28 января 1887 г.); почётный член Нижегородского общества вспоможения бедным (4 октября 1889 г.); почётный член Волынского управления Красного Креста (1892 г.); почётный член Киевской духовной академии (1899 г.); почётный член Казанской духовной академии (1899 г.).