Ещё на Соборе епископы Александрийской православной церкви попросили отсрочки, когда архиепископ Анатолий требовал от них подписи под Томосом папы Римского Льва I Великого и соборным оросом. Епископы ссылались на то, что после низложения Диоскора они лишены патриарха и не могут выработать единогласное решение. В 452 г., сразу же после поставления в Александрии нового патриарха Протерия, произошёл бунт. По указанию Маркиана в наказание жителям префект Египта Феодор отменил хлебные выдачи, запретил проводить ристания на ипподроме и закрыл общественные термы. Однако это только озлобило жителей. Новый префект Флор имел в своём распоряжении военные гарнизоны и пытался использовать солдат против недовольных. В 452 и 453 гг. в Александрии произошли стычки – несколько солдат были сожжены заживо толпой на площади разрушенного храма Сераписа. В Александрию послали дополнительные войска. В 453 г. свидетелем этих событий стал историк Приск Панийский. По его уверению, именно он дал совет Флору воздействовать на народ иными мерами. Флор выступил перед народом на ипподроме, обещал открыть термы, вернуть хлебные выдачи и разрешить общественные увеселения. Это привело к некоторому успокоению, однако религиозные разногласия не были устранены. Большинство александрийцев отказывались признавать Протерия патриархом. Маркиан послал в Александрию силенциария Иоанна, чтобы примирить народ с патриархом, но Иоанн успеха не достиг. К тому же из-за сурового нрава Протерия Иоанн вскоре сам разорвал с ним отношения и, вернувшись в Константинополь, обвинил его перед Маркианом в том, что патриарх тратит необоснованно огромные суммы на личную военную охрану и тем раздражает александрийцев. Смерть Маркиана привела к новым волнениям и насилию в Александрии. Горожане избрали патриархом лидера монофизитов Тимофея II Элура; вскоре противостояние двух патриархов завершилось убийством Протерия на Пасху 457 г. 31 июля 455 г. Маркиан издал эдикт об ограничении в гражданских правах еретиков, противников Халкидона и других вселенских Соборов: они не могли получать старшие воинские чины выше звания когорталинов, им запрещалось устраивать тайные религиозные собрания, в противном случае предусматривалось либо публичное наказание палками для простолюдинов, либо штраф для привилегированных сословий. Репрессии также не имели серьёзных последствий и, как показали дальнейшие события, не смогли изменить отрицательное отношение Египта и ряда других восточных провинций к Халкидонскому Собору. В 456 г. в Константинополе произошли беспорядки, не связанные с религиозным вопросом. Причиной столкновений послужили распри цирковых партий димов. Маркиан был патроном венетов (голубых), а зачинщиками столкновений выступили оппозиционные ему прасины (зелёные). В ответ на это выступление Маркиан издал распоряжение о запрете прасинам на три года занимать как гражданские, так и военные служебные посты (достоверность этого запрета исследователи считают сомнительной). В конце лета 456 г. Маркиан тяжело заболел и пять месяцев был прикован к постели. Тем не менее, даже будучи болен, 26 января 457 г. Маркиан, как обычно, прошёл с крестным ходом из Константинополя в Евдом, а на следующий день скончался.