Польские власти также хотели использовать православие для ликвидации греко-католической церкви и борьбы против «разгосударствления подрастающего поколения» и украинского национализма. Переход в православие воспринимался ими как способ лишить украинское население влияния со стороны как местных, так и заграничных «враждебных националистических центров» (1958 г.). При поддержке властей Макарий (Оксиюк) внёс серьёзные изменения в церковно-административную жизнь Польской церкви в соответствии с практикой Русской православной церкви, в частности, централизовал церковное управление. 5 сентября 1951 г. ликвидировал Варшавскую духовную консисторию и заменил её канцелярией митрополита, подотчётной ему и получившей право надзора за всеми финансовыми вопросами. Также изменил границы епархий, определённые в 1948 г. Все приходы были разделены в 1951 г. на четыре епархии: Варшавско-Бельскую, Вроцлавско-Щецинскую, Лодзинско-Познанскую и Белостокско-Гданьскую. Компетенции епархиальных архиереев были ограничены, так что фактически они не могли осуществлять самостоятельную кадровую политику. Если раньше архиереи преимущественно жили в Варшаве, то теперь должны были непосредственно на местах руководить церковной жизнью епархий. Макарий (Оксиюк) встал во главе Варшавско-Бельской епархии в границах Варшавского, Люблинского воеводств и Бельско-Подляского повята Белостокского воеводства (в 1958 г. к епархии вновь была присоединена территория Жешувского воеводства), с 5 декабря 1951 г. по 22 марта 1953 г. он также временно управлял Вроцлавско-Щецинской епархией. В 1952 г. были внесены поправки как в приходский, так и во внутренний устав Польской церкви. С 1954 г. трудами Макария (Оксиюка) стал издаваться журнал «Церковный вестник» на русском и польском языках, ответственным редактором которого он состоял и в котором опубликовал ряд своих статей. Макарий (Оксиюк) способствовал развитию православного богословского образования в Польше. 1 сентября 1951 г. преобразовал в семинарию варшавский Православный богословский лицей, который был создан трудами архиепископа Тимофея (Шреттера). Несмотря на нехватку средств и ограничения со стороны государственных органов, в 1954 г. состоялся первый выпуск семинарии (15 человек). Макарий (Оксиюк) часто посещал семинарию, сумел улучшить бытовые условия жизни воспитанников и расширить программу преподавания, в 1960 г. был разработан новый устав. С декабря 1957 г. начались занятия на православном отделении варшавской Христианской богословской академии, где Министерство высшего образования Польши разрешило организовать секцию православного богословия. В академии Макарий (Оксиюк) руководил преподаванием патрологии. С 1958 г. выпускники семинарии получили возможность продолжать обучение в Христианской богословской академии. Наиболее способные учащиеся направлялись в Московскую духовную академию и Ленинградскую духовную академию. Попечением Макария (Оксиюка) были благоустроены Яблочинский во имя преподобного Онуфрия Великого мужской монастырь и Марфо-Мариинский женский монастырь на Святой горе Грабарка. В 1953 г. удалось добиться возвращения в Яблочинскую обитель чудотворных икон преподобного Онуфрия и Пресвятой Богородицы. В 1955 г. закончился ремонт сожжённого в 1942 г. главного келейного корпуса, в 1957 г. – Духовской часовни над Бугом. Был восстановлен и собор. На Грабарке в 1956 г. был построен и освящён Макарием (Оксиюком) храм в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость». Были также отреставрированы фасад собора святой Марии Магдалины и митрополичий дом.