Однако это объяснение происхождения названия «мелькиты» носило локальный характер и впоследствии оказалось забытым, хотя сочинение митрополита Анастасия неоднократно переписывалось на протяжении XVII в. В позднее Средневековье и раннее Новое время православные арабы называли себя как мелькитами, так и ромеями. Исследователям известен, в частности, ряд колофонов рукописей, авторы которых, указав на своё территориальное происхождение, добавляли, что принадлежат к «мелькитскому исповеданию». Разделение Антиохийской церкви в 1724 г. на православную и униатскую (см. в ст. Мелькитская католическая церковь) сопровождалось острой идейной борьбой; не остался в стороне и вопрос самоназвания общин. Униатские патриархи, претендуя на историческое преемство с антиохийской церковной традицией, именовали себя титулом «патриарх Антиохийский и всего Востока», а своих приверженцев – «христиане-ромеи» и «община ромеев-мелькитов католиков». В документе Римской курии о присылке палия первому униатскому патриарху Кириллу VI Танасу (1744 г.) кратко излагается история мелькитов с позиции Папского престола. Согласно этому тексту, мелькиты, сторонники халкидонской ортодоксии эпохи вселенских Соборов, всегда пытались воссоединиться с Римской «Матерью-Церковью» и нынешние католики, приверженцы Кирилла VI Танаса, противостоящие патриарху-«схизматику» Сильвестру, как раз и представляют собой «истинных мелькитов-православных». Уже в этом послании для исследователей очевидно стремление присвоить униатам прежние самоназвания православных арабов. Впрочем, исследователи отмечают, что данный документ был творением римских идеологов; сами же арабо-униатские авторы именовали себя «община ромеев-католиков» (Нима ибн аль-Хури Тума, 1760 гг.), «католики» (Ханания аль-Мунайир, начало XIX в.; анонимная Дамасская хроника 1782–1841 гг.). Своих православных оппонентов они называли «ромеи» или более эмоционально – «раскольники». Православные хронисты конца XVIII – начала XIX вв. (Михаил Брейк ад-Димашки, Абдаллах ибн Трад аль-Бейрути – см. в ст. «Бейрутская церковная летопись») употребляли самоназвания «община ромеев» или «православные», а униатов называли «католическая община» или (реже) – приверженцами «исповедания франков», «западного исповедания», «учения папского». В колофонах православных рукописей XVIII–XIX вв. фигурируют как самоназвание «православные ромеи» (греко-православные), так и обе его части в отдельности. Во второй четверти XIX в. арабские униаты были признаны османскими властями как отдельное исповедание (их официальным наименованием стало понятие, традиционно переводимое как «греко-католики» (в текстах православных и католиков XVIII – начала XIX вв. слово «мелькиты» исследователи почти не встречают). Термин «мелькиты» был вновь введён в 1848 г. униатским Антиохийским патриархом Максимом III Мазлумом, который употребил его в своём официальном послании. Данный шаг патриарха вызвал протесты православного духовенства, ревниво относившегося к притязаниям униатов на антиохийское наследие. В последовавшей полемике победа осталась за католиками, располагавшими бо́льшим числом образованных публицистов и более широкими типографскими возможностями. Православные авторы конца XIX в. с сожалением отмечали как свершившийся факт присвоение католиками древнего названия ближневосточных христиан.