После новых безрезультатных попыток увещевать Марка ибн аль-Кунбара патриарх предписал всем нижнеегипетским епископам прислать персональные отчёты о его противозаконной деятельности, из-за которой он заслуживал отлучения. Тогда Марк ибн аль-Кунбар обратился к султану Салах-ад-Дину с просьбой устроить разбирательство в присутствии патриарха. Везир аль-Кавди аль-Фадиль (Абу Али Абд ар-Рахман аль-Лахми аль-Аскалани) в ответном письме вынес рассмотрение дела на внутренний суд коптской общины, подчеркнув, что если Марк ибн аль-Кунбар будет ею отвергнут, он должен будет принять ислам. Тогда Марк ибн аль-Кунбар снова прибыл в Каир и добился прощения патриарха, но после возвращения возобновил проповедь, включив в неё ряд новых обрядовых предписаний. Конфликт с коптскими иерархами побудил Марка ибн аль-Кунбара перейти к мелькитам, т.е. в юрисдикцию Александрийской православной церкви. В то время православные в Дамиетте были довольно многочисленны и даже имели своего архиерея. Многое, к чему призывал Марк ибн аль-Кунбар, соответствовало их практике. Присоединившись к православным, Марк ибн аль-Кунбар принял догмат о двух природах во Христе (и соответственно двоеперстие вместо единоперстия) и признал все семь Вселенских Соборов (а не только первые три, как копты). Вместе с группой мелькитов и присоединившихся к ним коптов Марк ибн аль-Кунбар отправился в Кальюб, но местные чиновники-копты донесли на них вали, и тот подверг их заключению, принудив выплатить джизью и навсегда покинуть город. После этого Марк ибн аль-Кунбар посетил в Александрии православного патриарха (как полагают исследователи, Марка III) и заручился его поддержкой. Однако практической выгоды Марку ибн аль-Кунбару это покровительство не принесло, что продемонстрировал происшедший летом 1186 г. инцидент. Марк ибн аль-Кунбар в присутствии коптского митрополита Сунбата попросил у посещавшего нильскую дельту мелькитского патриарха предоставить ему церковь в Сунбате. Митрополит Сунбата дал понять, что вопрос Марка ибн аль-Кунбара не относится к канонической юрисдикции мелькитской церкви, патриарх же хранил молчание, не желая обострять отношения с коптами. В ходе последовавшего спора митрополит ударил Марка ибн аль-Кунбара и сорвал с него головной убор. Разочаровавшись в поддержке мелькитов, Марк ибн аль-Кунбар безуспешно попытался вернуться в Коптскую церковь. Узнав о переговорах Марка ибн аль-Кунбара с коптскими иерархами, православный патриарх сослал его в монастырь Эль-Кусайр. Коптский историк Бутрос ибн ар-Рахиб (XIII в.) подтверждает эту версию смены конфессий Марком ибн аль-Кунбаром.