Хотя Анджело Маи практически монополизировал работу с рукописью (другие исследователи, в том числе Константин фон Тишендорф в 1843 г., допускались к ней лишь на несколько часов), он смог подготовить только часть текста. После его смерти работу с кодексом папа поручил Карло Верчеллоне. Целиком кодекс издали в 1857 г., в 1859 г. – отдельно Новый Завет. Но оба издания были признаны неудовлетворительными, и работа над полным изданием была продолжена. 16 августа 1833 г. Анджело Маи был назначен секретарём Конгрегации пропаганды веры, но и после ухода с поста старшего хранителя Ватиканской библиотеки продолжал заниматься исследованием и систематизацией её рукописного материала. Результаты этих трудов отражены в четырёх серийных изданиях, выходивших на протяжении жизни учёного: «Новое собрание древних авторов» (1825–1838 гг.), «Классические авторы в кодексах Ватиканской библиотеки» (1828–1838 гг.), «Римский сборник» (1839–1844 гг.) и «Новая библиотека патристики» (1844–1854 гг.; издание продолжил Джозеф Коцца-Луци: 1871–1905 гг.). Исследователи отмечают, что значительным был также вклад Анджело Маи в организацию новой ватиканской типографии, снабжённой набором качественных печатных шрифтов. Во время гарибальдийской республики (1849 г.) Анджело Маи оставался в осаждённом французами Риме. Отдавая дань уважения учёному, итальянские республиканцы прикрепили у ворот Палаццо-Альтьери, где тогда проживал Анджело Маи, табличку со строгим запретом беспокоить кардинала. Когда же Анджело Маи всё-таки решил покинуть Рим, он отправился не в Гаэту к сбежавшему папе Пию IX, а в Неаполь, где воспользовался возможностью исследовать рукописи королевской библиотеки Бурбонов. Возвратился Анджело Маи в Рим уже после восстановления папской власти, в апреле 1850 г. В 1853–1854 гг. занимал должность кардинала-библиотекаря Святой Римской Церкви. 20 октября 1853 г. Анджело Маи составил завещание в городе Альбано-Лациале, куда, как полагают исследователи, прибыл, спасаясь от бушевавшей в столице эпидемии холеры. В случае его смерти деньги переходили в пользу бедняков родного города Анджело Маи Скильпарио, а богатую личную библиотеку кардинал поручал своим секретарям оценить и продать. В случае если покупателем пожелал бы стать папа, её следовало уступить Ватикану за полцены, что и было сделано в 1885 г. Числясь пресвитером базилики святой Анастасии в Риме, Анджело Маи был торжественно захоронен в левом трансепте этой церкви, в роскошном саркофаге с эпитафией собственного сочинения. Имя Анджело Маи носит городская библиотека Бергамо. Исключительные по важности находки, сделанные Анджело Маи сначала в Амброзианской, а позже в Ватиканской библиотеке, стали результатом систематических архивных разысканий. Всего он ввёл в научный оборот отрывки из произведений более чем 350 авторов. Однако из-за торопливости в обращении с материалом, а также из-за недостатка классического образования Анджело Маи порой терпел неудачи, особенно при атрибуции греческих текстов (например, трактат поздневизантийского автора Георгия Гемиста Плифона «О добродетели» он ошибочно приписал в 1816 г. эллинистическому автору Филону Александрийскому). Исследователи отмечают, что противоречивую в целом деятельность Анджело Маи на посту хранителя двух крупнейших итальянских библиотек отличала известная доля авантюризма и везения, свойственных науке первой половине XIX в.