С 1841 г. в связи с распространением в немецких университетах практики проведения исследовательских семинаров начался процесс перепечатки наиболее востребованных текстов, ранее вышедших в формате in folio, отдельными книгами карманного формата (in octavo) и с облегчённым справочно-критическим аппаратом «для нужд учащихся» (in usum scholarum). В XIX в. издание «Monumenta Germaniae Historica» послужило образцом для аналогичных серийных публикаций источников во многих странах Европы. В середине 1840 гг. центральная дирекция фактически прекратила существование: Георг Генрих Пертц после смерти Иоганна Фридриха Бёмера стал единственным руководителем издания, которое он рассматривал уже как личное предприятие. Своим преемником он рассчитывал сделать сына, Карла Августа Фридриха Пертца (1828–1881 гг.), хотя тот имел репутацию посредственного историка. Подготовленный им первый том серии «Diplomata» (1872 г.) получил резко отрицательные рецензии. В 1862 г. из-за конфликта с Георгом Генрихом Пертцем из «Monumenta Germaniae Historica» ушёл один из лучших сотрудников Филипп Яффе (1819–1870 гг.), начавший публикацию собственной серии источников – «Bibliotheca rerum Germanicarum» (1864–1869 гг., тома 1–5; 1873 г., том 6). Георг Генрих Пертц развернул в печати кампанию против Филиппа Яффе, а затем обвинил его в краже рукописи из берлинской библиотеки и в шпионаже. В результате травли у Филиппа Яффе развилось психическое заболевание и он покончил с собой. В 1873 г. Георг Генрих Пертц под давлением научного сообщества согласился уйти в отставку. В 1875 г. общество было преобразовано в государственную организацию с центром в Берлине. Руководящим органом стала реформированная центральная дирекция, в состав которой вошли по два представителя от Берлинской, Баварской и Австрийской академий наук, а также другие крупнейшие немецкие историки; за каждым из них было закреплено определённое направление. Так, специалист по истории Древнего Рима Теодор Моммзен (1817–1903 гг.) начал издание подсерии «Auctores antiquissimi» («Древнейшие авторы»), которая включала позднеантичные и раннесредневековые источники (в том числе выходившие за первоначальные хронологические рамки издания «Monumenta Germaniae Historica»). Появились и другие подсерии. Серию «Leges» стал курировать крупный австрийский медиевист Теодор фон Зиккель (1826–1908 гг.). Удалось приступить к изданию томов в давно запланированных сериях «Epistolae» (курировал Вильгельм Ваттенбах) и «Antiquitates» (курировал Эрнст Людвиг Дюмлер (1830–1902 гг.), президент общества в 1888–1902 гг.). Президентом общества стал Георг Вайц, который занимался сериями «Scriptores» и «Leges». По его инициативе был реформирован журнал общества (с 1876 г. сменил название на «Neues Archiv der Gesellschaft für ältere deutsche Geschichtskunde» («Новый архив Общества по изучению ранней немецкой истории»)): в нём стали преобладать исследовательские статьи по актуальным проблемам медиевистики, а также научные рецензии. Во всех изданиях «Monumenta Germaniae Historica», за исключением первоначальной серии «Scriptores», было решено перейти на более практичный формат in quarto.