В монастырской рукописи, названной Николаем Семёновичем Стромиловым «Летописью», «Истории...» были дополнены сведениями о настоятелях (фрагменты Летописи переписаны в тетрадь, происходящую из библиотеки пустыни: Исторический музей). При Авраамии была заведена «Вкладная книга», состоявшая из двух разделов: «дачи на церковное строение» и «пропитание братское» (на полях книги также записывались памятные события, происходившие в пустыни). В 1717 г. митрополит Рязанский и Муромский Стефан (Яворский) возвёл строителя Авраамия в сан игумена «в уважение того, что великие государи взыскали ту обитель, коей он настоятель, своими милостями, и в почесть оной» (грамота опубликована: «Владимирские губернские ведомости», 1845 г.). Игумен был погребён под алтарём Рождественского собора. В 1764 г. пустынь стала заштатной, настоятели потеряли игуменский статус; исследователи полагают, что тогда же изменился и устав обители: отменили общую трапезу для монахов. Общежительный уклад в пустыни возобновил игумен Макарий (Мыльников) (1860–1874 гг.), который продолжительное время подвизался в Саровской в честь Успения Пресвятой Богородицы пустыни и Нямецком в честь Вознесения Господня монастыре. Он ввёл в обители богослужебный Саровский устав. В местные и великие праздники после шестой песни канона читался синаксарь, после Шестопсалмия – толковое Евангелие, в Четыредесятницу после кафизм – творения преподобного Иоанна Лествичника. В середине XIX в. основными доходами Лукиановой пустыни были арендные сборы и суммы, полученные за совершение треб. Пустынь получала 100 руб. серебром за сдачу в аренду мельницы на реке Малый Киржач и от 442 до 537 руб. серебром за сенокосную землю (обители принадлежали 215 десятин). По генеральному плану за монастырём числилось 750 десятин пахотной земли, но реально засевалось только 36 десятин, обрабатывавшихся наёмными людьми. По оценкам насельников, земля «иловата и приносит ржи и овса в два и в три процента, исключая неурожайных иногда годов». В урожайные годы монастырь обеспечивал себя хлебом. В 1916 г. было собрано 50 четвертей ржи, 12 четвертей пшеницы, 75 четвертей овса, что, по мнению игумена Корнилия, было недостаточно для годового содержания обители. Скотоводство и коневодство утратили к XIX в. традиционное хозяйственное значение. Обитель имела большие лесные угодья (1557 десятин), из них третья часть представляла строевой еловый лес, который шёл на продажу, а также «прочий разных родов дровяной». Монахи получали из Александровского уездного казначейства личное жалованье в размере 85 руб. 41 коп. серебром, выдававшееся 2 раза в год. Ежегодно 8 сентября, в праздник обители, у её стен устраивалась трёхдневная ярмарка, которую посещали от 1 до 3 тыс. человек. Монастырь имел свой кирпичный и изразцовый завод. 8 сентября 1893 г. в Лукиановой пустыни торжественно праздновали 300-летие обретения чудотворной иконы Божьей Матери. К юбилею обители усердием игумена Иеронима (1887–1895 гг.) были проведены художественные и строительные работы: вызолочен шестиярусный иконостас Рождественского собора, поновлены фрески, облицованы внешние стены всех трёх церквей пустыни. В день праздника состоялся крестный ход вокруг монастыря, который завершился панихидой в часовне преподобного Лукиана. По монастырским документам, в 1917 г. в обители числилось 37 насельников. При Лукиановой пустыни существовали церковноприходская школа и приют, в котором проживали 15 детей-сирот из солдатских семей.