Под храмом находились монастырские службы: погреб, «хлебня», «палатка хлебодарная». Тёплый трапезный храм построен, как и собор, в XVI в. К XVII в. здание находилось в аварийном состоянии – кровля сгнила, «и та церковь и трапеза обвалились». В офицерской описи 1764 г. сведения об Иоакимовской церкви или о её руинах отсутствуют, следовательно, как полагают исследователи, храм не был восстановлен и, скорее всего, разобран. Исследователи полагают, что во второй трети XVIII в. на её месте был выстроен храм в честь Богоявления. К середине XIX в. он также оказался в аварийном состоянии, службы в нём прекратились в 1867 г. До XVIII в. шатровая колокольня Левкиева монастыря была деревянной, «рубленая о шти стенах», крыта тёсом, на куполе крест «обит белым железом». На ней находилось восемь колоколов весом 4, 6, 10 пудов и пять – по 2 и 3 пуда. Каменная многоярусная колокольня при приходских храмах выстроена в конце XVIII – начале XIX вв. По архитектурным формам она напоминает пятиярусную соборную колокольню в Волоколамске, значительно перестроенную в XIX в. Из жилых построек в Левкиевом монастыре в XVII в. существовали деревянная келья строителя на жилом подклете, крытые соломой три братские кельи, одна из которых «двойня», небольшое сушило «о двух жильях». В конце XVII в. у святых ворот выстроена «гостиная» келья. К середине XVIII в. все четыре жилые постройки были каменными. Немногочислены были хозяйственные постройки: три житницы, одна из которых покрыта тёсом, остальные – соломой; за кельей строителя находились сарай, рядом с ним – пасека из четырёх пчелиных ульев. В XVII–XVIII вв. вокруг монастыря была деревянная ограда, «забор в столбах» (192 сажён) с двумя дощатыми и крытыми тёсом воротами, одни из которых святые. Вне ограды в полуверсте располагался «воловий двор», на реке Рузе монастырю принадлежала мельница с двумя жерновами. Материальное положение Левкиева монастыря основывалось на доходах, получаемых с населённых земельных владений обители и за исполнение церковных треб. Вотчины в XVI–XVII вв. находились преимущественно вблизи Левкиева монастыря и Хованских станов Волоцкого и Рузского уездов. Процесс формирования вотчин исследователям неизвестен, т.к. монастырские документы за XV–XVI вв. не сохранились. По описи архива Левкиева монастыря 1679/1680 г., в нём значатся лишь акты XVII в., самый ранний из них – сводная жалованная грамота царя Михаила Фёдоровича 1623 г., в которой упоминается утраченная к концу века тарханная грамота великого князя Ивана IV Васильевича 1563/1564 г. «за приписью дьяка Андрея Щелкалова и в 114-м (1605/1606) году при Расстриге та грамота подписана». В духовной книге Волоцкого князя Фёдора Борисовича указывается поминальный вклад – село Назарьевское с деревнями. Земельный вклад не поступил во владение монастыря. Исследователи полагают, что завещание в связи с неприязненными отношениями к удельному родственнику не было утверждено в полном объёме великим князем Московским, и в лучшем случае земельный вклад был заменён денежной компенсацией.