В 1662 г. поэт позволил себе вступиться за своего покровителя в адресованной королю оде, а также в «Элегии к нимфам Во». Этим поступком он, по-видимому, навлёк на себя гнев Кольбера и короля. Лафонтен, высланный в Лимож после суда над Фуке, многие годы страдал от недоброжелательного отношения к нему монарха. Так, король всячески препятствовал избранию Лафонтена в Академию, так что поэт вошёл в её состав лишь в 1684 г. В Лиможе Лафонтен создаёт «Сказки и рассказы в стихах» (первые пять частей печатались в 1665–1685 гг. частично во Франции, частично в Голландии, т.к. Кольбер в 1674 г. запретил издание), повесть в стихах и прозе «Любовь Психеи и Купидона» (1669 г.). В 1668, 1678 и 1694 гг. выходят двенадцать книг его «Басен», которые принесли Лафонтену мировую славу. С 1664 г. начали выходить «Стихотворные сказки и новеллы». В первый сборник вошли две сказки – «Джокондо» и «Побитый и довольный рогоносец»; первая из них, основанная на одном из эпизодов поэмы Ариосто «Неистовый Роланд», вызвала оживлённую литературную полемику. Последующие выпуски «Сказок» публиковались в 1665, 1671 и 1674 гг. Сюжеты их Лафонтен черпал из Боккаччо и сборника «Сто новых новелл». В представлении Лафонтена важнейшей особенностью жанра должно было стать стилистическое и сюжетное разнообразие. Из всех сказок наиболее фривольный характер носили «Новые сказки», которые спровоцировали многочисленные упрёки в непристойности и сразу же оказались под запретом. Интересно, что одновременно со сказками Лафонтен работал над сочинениями благочестивого характера, отчасти отмеченными влиянием янсенизма, в том числе над «Поэмой о пленении Святого Малха». В 1660–1680 гг., уступая вкусам своих знатных покровителей (среди которых были сохранившие верность идеалам Фронды аристократки – герцогини Бульонская и Орлеанская и связанная с религиозной сектой янсенистов госпожа де ла Саблиер), Лафонтен пишет поэму «Святой Малх в плену» (1673 г.), сочиняет стихи благочестивого содержания («Собрание христианских стихотворений», 1671 г.). Из-под его пера выходят поэмы «Хина» (1682 г.), «Филемон и Бавкида» (1685 г.), немало эпиграмм и стихотворных посланий, среди которых особую ценность представляет «Послание епископу Суассонскому» (1687 г.); в нём сформулирована позиция Лафонтена в разгоревшемся в 1680 гг. споре «древних» и «новых» об отношении к традициям античной литературы. Лафонтен практически создал новый жанр – стихотворной басни, заимствуя внешнюю фабулу у древних авторов (в первую очередь, у Эзопа и Федра; кроме того, Лафонтен черпал из «Панчатантры» и некоторых итальянских и латинских авторов Возрождения).