Другие выступления Льва против патриарха не сохранились, но о них подробно рассказано в судебном документе 1086 г. Из него следует, что Лев обвинял патриарха в том числе и в присвоении церковного имущества. Узнав об этом, Евстратий Гарида потребовал устроить специальное разбирательство, в ходе которого был признан невиновным. Низложение Евстратия Гариды в июле 1084 г., формально никак не связанное с его противостоянием со Львом, не удовлетворило митрополита. Он отказывался вступать в литургическое общение с новым патриархом Николаем III Грамматиком, поминавшим во время богослужений Евстратия Гариду, и настаивал на исключении его имени из диптихов. Алексей I Комнин приступил к разрешению конфликта лишь год спустя, когда после смерти Роберта Гвискара (17 июля 1085 г.) сумел вернуться из западного похода. Император организовал несколько заседаний, на последнем из которых, 2 декабря 1085 г., Лев пошёл на уступки, заявив, что не знал об исходе разбирательства по обвинениям, выдвинутым против Евстратия Гариды. Несмотря на примирение, Лев не изменил своей позиции по существу и, уже не называя конкретных виновников по именам, продолжил рассуждать о недопустимости десакрализации священной утвари. В январе 1086 г. Алексей I Комнин и патриарх созвали собрание из членов сената и 25 архиереев, на котором предложили Льву или вступить с патриархом в литургическое общение, или сформулировать свои обвинения открыто на суде. Лев отказался делать как одно, так и другое, ссылаясь на то, что не обязан служить вместе с патриархом, поскольку у него есть свой клир в церкви великомученицы Евфимии, с которым он может совершать службу в столице. В ходе разбирательства Алексей I Комнин воздержался от переведения дискуссии в догматическую плоскость, поэтому Лев был осуждён только на канонических основаниях, а не обвинён в ереси. Было установлено, что Лев, во-первых, пренебрёг процедурой судебного разбирательства, подавая жалобы на патриарха напрямую императору, минуя церковный суд; во-вторых, не признал императорский документ о невиновности патриарха; в-третьих, отказался сформулировать обвинения в письменном виде, выступив не как законный обвинитель, а как клеветник. Также на суде было сказано, что Лев выступает «обвинителем христиан» (этот термин с рубежа VIII и IX вв. обозначал иконоборцев). Таким образом император предостерегал Льва от углубления в догматику, показывая, что если это произойдёт, то он выдвинет обвинение в иконоборчестве. Исследователи полагают, что вскоре после этих событий последовало смещение Льва с митрополичьей кафедры. Затем Лев был отправлен в ссылку, если верить Анне Комнине, в Созополь, датировка этого события колеблется от конца 1087 г. до 1089 г. При этом император пытался примириться со Львом и предлагал условия для возвращения в столицу, однако тот был непреклонен, не признавал своего низложения и продолжал называть себя архиереем, сравнивая свою судьбу с судьбой Иоанна Златоуста.