Первыми студентами Лихудов были семь учащихся греко-славянской школы иеромонаха Тимофея, находившейся на Московском Печатном дворе: Алексей Кирилов, Николай Семёнов, Фёдор Поликарпов-Орлов, Иосиф Афанасьев, Федот Агеев, Василий Артемьев, Фёдор Герасимов. В ноябре 1687 г. академия была переведена в построенное для неё здание на территории Заиконоспасского в честь Нерукотворного образа Спасителя московского мужского монастыря. Основная роль в преподавательском процессе принадлежала Софронию Лихуду, именно он, находясь в Москве, возглавлял академию в 1685–1694 гг., в то время как Иоанникий Лихуд в 1688–1691 гг. уезжал в Венецию, где в том числе вёл переговоры с Венецианской республикой о союзе с Россией против Османской империи. В 1694 г. Лихуды были отстранены от преподавания в Славяно-греко-латинской академии. Судя по документам Посольского приказа, одной из причин их отстранения было послание Иерусалимского патриарха Досифея II Нотары, выдвинувшего ряд обвинений против Лихудов. Братьям было разрешено остаться в Москве. В 1694–1697 гг. они давали уроки итальянского языка, в 1697–1700 гг. преподавали в школе по изучению итальянского языка, состоявшей в ведении Разрядного приказа. В январе 1704 г. Лихуды были удалены в Ипатиевский во имя Святой Троицы мужской монастырь в Костроме, где пробыли до января 1706 г. Там они продолжали полемическую деятельность, составили учебник греческой грамматики пространной редакции. В начале 1706 г. Новгородский митрополит Иов добился освобождения Лихудов и позволения переехать в Новгород, где они почти сразу открыли школу. В конце 1707 г. Софроний Лихуд был вызван в Москву, возглавил школу греческого языка (в академии в то время греческий язык не преподавался). В 1712 г. он был привлечён к работе над исправлением славянского перевода Библии, которая велась на Печатном дворе. Текст, который был правлен в 1713–1721 гг. Софронием Лихудом и его коллегами по библейской комиссии (Феофилактом (Лопатинским), Поликарповым-Орловым, Н. Головиным и др.); правленная рукопись (Исторический музей), была положена в основу издания в 1751 г. Елизаветинской Библии. Показательно, что основная тенденция справы состояла в устранении специфически книжных «еллинизмов», что делало церковнославянский язык более понятным и приблизило его к русскому языку. В 1723–1729 гг. Софроний был архимандритом Солотчинского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря, в 1730 г. переведён в Новоспасский московский в честь Преображения Господня монастырь, скончался в том же году. Иоанникий Лихуд вернулся из Новгорода в Москву в 1716 г., умер в следующем году, погребён в Заиконоспасском монастыре. Лихуды стали основателями филологической школы, во многом определившей развитие лингвистической мысли России в первой половине XVIII в. Лингводидактическая концепция, воплощённая, в частности, в учебных пособиях Лихудов по греческому и церковнославянскому языкам, получила дальнейшую реализацию в грамматических трудах их учеников – просветителей и педагогов Фёдора Поликарпова-Орлова и Фёдора Максимова, выпускника греко-славянской школы в Новгороде («Грамматика славенская, вкратце собранная». СПб., 1723 г.).