В зачитанном перед Собором письме Оттон IV раскаивался в совершённых им прегрешениях и обещал, что в дальнейшем будет подчиняться папе Римскому. Иннокентий III склонялся на сторону Фридриха II Штауфена, но из-за ссоры между миланцами и маркизом Монферрата покинул заседание, оставив вопрос нерешённым. Заключительная сессия четвёртого Латеранского собора началась с утренней папской мессы в Латеранской базилике. После богослужения понтифик огласил Символ веры (включён в постановления Собора как первый канон) и осудил еретические учения Иоахима Флорского и Амальрика Бенского (канон 2). Эти постановления были поддержаны всеми присутствовавшими. По мнению исследователей, Иннокентий III произнёс также проповедь, но её текст не сохранился. После этого обсуждались меры по организации Крестового похода в Палестину. В связи с этим Иннокентий III обнародовал важные политические решения. Объявил об отлучении от церкви английских баронов, восставших против короля Иоанна Безземельного, который признал себя вассалом папы и принёс обет участвовать в Крестовом походе на Святую землю. В то же время папа не стал снимать отлучение с Оттона IV и поддержал совершённое немецкими князьями избрание королём Фридриха II Штауфена. Затем Иннокентий III огласил подготовленные раньше 68 постановлений, которые были одобрены без обсуждения. В заключение вынесли частицу Святого Креста, привезённую из Константинополя. Иннокентий III пропел гимн «Te Deum», произнёс коллекту «Omnipotens sempiterne Deus» и, благословив присутствующих Святым Крестом, объявил о завершении Собора. Постановления Собора включают 70 канонов, которые по объёму и широте затрагиваемых вопросов намного превосходят решения католических Соборов XI–XII вв. Современные исследователи считают, что автором канонов был сам Иннокентий III (об этом упоминали и некоторые авторы XIII в.). Канон 1 с пространным изложением догматов Символа веры основан, главным образом, на идеях парижских богословов XII в., в особенности Петра Кантора (ум. в 1197 г.), у которого будущий понтифик учился в 1170 гг. В этом каноне впервые в истории богословия было сформулировано и провозглашено учение о церкви как о евхаристическом единстве верных, и использовано понятие «пресуществление» («transsubstantiatio») применительно к Телу и Крови Христовым (подробнее см. ст. Евхаристия). Каноном 2 осуждался трактат Иоахима Флорского о Троице, направленный против тринитарного учения Петра Ломбардского (ум. в 1160 г.). Однако сам Иоахим Флорский избежал осуждения, т.к. некогда передал сочинение на рассмотрение в Римскую курию и неоднократно подтверждал свою приверженность учению католической церкви. Учение Петра Ломбардского было признано официальной католической доктриной. Тем же каноном осуждалось учение Амальрика Бенского, но содержание доктрины не раскрывалось. Канон 3 посвящён общим мерам по противодействию ереси. Отлучению от церкви и анафеме подлежали все выступавшие против католического вероучения, изложенного в предшествующих канонах. Светским властям предписывалось принимать меры против еретиков. Те, кто сражались против еретиков, пользовались теми же привилегиями, что и крестоносцы. Епископы, виновные в потворстве еретикам, подлежали смещению со своих кафедр. Этот канон в дальнейшем стал одним из юридических оснований инквизиции.