Значение Кирилла Великого в догматическом отношении сосредоточиваются, главным образом, в учении о боговоплощении, об отношении и способе соединения в единой личности Христа божеской и человеческой природ. Согласно его учению, «единая природа Бога Слова воплощённая» включает в себя не только индивидуальное человечество Иисуса, но и всю полноту обоженного человечества – всех спасённых и спасаемых, т.е. всю церковь. В этом состоит радикальное отличие Кирилла Александрийского от последующего монофизитства, которое свело понятие человечества внутри «единой природы» к индивидуальному человечеству Христа. В официальном исповедании веры, обращённом к императору Феодосию II Младшему («Увещание о правой вере к Феодосию»), Кирилл пишет, в частности, следующее: «Один и Тот же есть и Единородный и Перворождённый. Единородный Он есть как Бог, и Перворождённым Он стал за нас, Перворождённым из многих братий – по причине таинства соединения с человеческой природой. Логос Божий стал человеком, да (станем) и мы, яко (пребывающие) в Нём и через Него, сынами Божьими природно же и по благодати, причём, природно – потому что в Нём и только в Нём, причаственно же и по благодати мы (пребываем) через Него в Духе». Раскрытие данного учения обусловливается в творениях Кирилла Великого противоположной точкой зрения Нестория, который объективную и реальную сторону личности Христа усматривает в раздельном существовании Его природ; причём их единство он допускает только в мысли и представлении. Кирилл Александрийский, наоборот, считал реальным само единство природ, а их различие представлял чем-то идеальным, мыслимым. В этом отношении его значение в истории христианского учения исследователи приравнивают к значению Аполлинария, только с тем различием, что у того стремление выяснить истину единства личности Христа, при существовании двух природ, разрешилось ересью: Аполлинарий, в конце концов, лишил человеческую природу Христа целости и полноты и признал в ней только тело человеческое и душу, а дух (или разум) заменил в ней Божественным Словом. Кирилл Александрийский избежал этой крайности: истина единства личности Христа не идёт у него вразрез с признанием целости и полноты как божественной, так и человеческой природ. Следовательно, он установил такую точку зрения, которая исключала также и крайность учения Нестория, который, увлекаясь идеей различия природ во Христе, настолько разобщил их, что, в конце концов, превратил их в два самостоятельных лица. Таким образом, и Христос оказался у него двухприродным и в то же время двухличным существом. Кирилл Александрийский же говорит только о единой личности Иисуса Искупителя. По его словам, через непостижимое соединение двух разносущных и неподобных природ образовалась единая личность. При этом нельзя мыслить ни о каком разобщении этих природ; так что Еммануила (это любимое наименование Кирилл Александрийский употребляет для обозначения единой богочеловеческой личности Христа) уже нельзя больше представлять в отдельности ни Богом, ни человеком, а только Богочеловеком. Это единство природ необходимо понимать не в том смысле, что между ними произошли полное смешение, полное слияние и поглощение одной природы другой, как это допускал в приложении к теории Кирилла Великого его противник Несторий.