Сам Карл Великий в 794 г. созвал во Франкфурте Вселенский церковный собор, на котором объявил важные изменения в богословской доктрине и церковном праве (поэтому одни историки утверждают, что папа Лев III (795–816 гг.) сделал Карла императором, другие – что Карл сделал Льва папой). В 813 г. Карл короновал своего сына императором вообще без участия духовенства, а следующие германские императоры требовали от папы при его избрании принести присягу на верность императору. Из 25 пап, занимавших эту должность в течение столетия до 1059 г. (когда впервые церковный синод запретил мирскую инвеституру), 21 был прямо назначен императорами, а 5 ими же уволены. Более того, не только германские императоры контролировали епископов в своих владениях. В 1067 г. Вильгельм I Завоеватель (1066–1087 гг.) издал знаменитый декрет, в котором провозгласил, что король полномочен решать, должна ли церковь в Нормандии и Англии признать папу, и что король издаёт законы церкви через им же созываемые церковные синоды, а также что король имеет право вето на церковные наказания, наложенные на его баронов и слуг. Императорский и королевский контроль над церковью нужен был для того, чтобы оградить её от коррумпирующего влияния баронской и местной политики и экономики. Однако осуществление этой основной цели клюнийской реформы встретило на своём пути неодолимое препятствие: клир был до такой степени запутан в политические и экономические хитросплетения на всех уровнях, что не представлялось возможным его оттуда извлечь. Под эгидой великих императоров-реформаторов X и XI вв. можно было очистить монашеские ордена и укрепить папство, но всю церковь радикально реформировать было невозможно, поскольку она не обладала независимостью. Симония (продажа церковных бенефициев) и николаизм (брак духовенства) оставались её жгучими проблемами. Николаизм был вопросом не только моральным, но и социальным, политическим и экономическим, вводил духовенство внутрь клановой и феодальной структур, влёк за собой наследование некоторых церковных должностей сыновьями и другими родственниками священников. Это, по крайней мере, ставило хоть какие-то пределы симонии. Исследователи невольно задаются вопросами: если ни одна церковная должность не должна быть наследственной, как же можно было оставить инвеституру в руках мирян; разве короли и императоры духовно соответствуют потребностям назначения огромного количества новых клириков на высокие освободившиеся должности, а они неизбежно будут освобождаться, если священники не будут жениться и иметь наследников; а как насчёт низших церковных должностей, которые должны заполняться по указания феодальных синьоров? Некоторая напряжённость в связи с подчинением духовенства (и особенно папства) лицам, которые, хотя и являлись носителями достойного и даже священного сана, всё же не были сами возведены в сан священников, наблюдалась всегда. В конце IV в. именно Миланский (Медиоланский) епископ Амвросий (около 340 – 397 гг.) сказал: «Дворцы принадлежат императору, церкви – священству». Он же отлучил от церкви императора Феодосия I Великого (346–395 гг.), сняв отлучение только после исполнения императором покаяния. Веком позже папа Римский Геласий I (492–496 гг.) писал императору Анастасию: «Есть две (вещи), августейший император, которыми в основном управляется мир, священная власть священства и королевская власть… Если сами епископы, сознавая, что императорское достоинство было дано тебе соизволением Господа, повинуются твоим законам настолько, насколько это касается общественного порядка… С каким же рвением, спрашиваю я, должен ты повиноваться тем, кто назначен служить священным тайнам (в вопросах религии)?» Это и была исходная доктрина «двух мечей»: священство обслуживало святые тайны, но император писал законы, включая и церковные. У франков короли и императоры часто опирались на поддержку пап и признавали их верховенство (и вообще епископов) в вопросах веры. Идея церковной автономии имела глубокие корни и в авторитете Священного Писания.