В реформе богослужения Кальвин шёл гораздо дальше Лютера: всё, что хотя бы отдалённо напоминало старое суеверие, должно было изгоняться с беспощадной строгостью. Его религия была религией духа, не нуждающейся ни в каких внешних формах. В определении роли светской власти Кальвин также расходился с Лютером. Если Лютер однозначно подчинял церковь государству, то Кальвин старался связать их в одно целое, в котором, однако, преобладал теократический элемент. Он считал, что правительство, повелевая телами людей, не имеет власти над их совестью и не должно присваивать себе авторитет в делах веры. Но из этого не следовало, что светская и духовная власть существуют совершенно отдельно друг от друга. Государство должно поддерживать деятельность церкви, проникаться её духом и следовать её внушениям (по существу, это было заимствовано из католичества). Весной 1536 г. Кальвин посещает Феррару, живёт при дворе герцогини Феррарской Рене, дочери короля Людовика XII (1498–1515 гг.). Ему удалось склонить герцогиню к Реформации; их переписка продолжалась до его смерти. После недолгого пребывания в Ферраре Кальвин вернулся в Нуайон, чтобы уладить свои домашние дела, планируя переехать затем в Базель, чтобы поселиться там навсегда. Однако из-за войны попасть туда обычным путём через Лотарингию оказалось невозможно. Пришлось добираться в обход через Савойю. Таким образом, Кальвин проездом оказался в Женеве, где помогал Гийому Фарелю укреплять Реформацию (реформатор Гийом Фарель вёл в Женеве свою деятельность с октября 1532 г.). В Женеве светская и духовная власть была сосредоточена в руках епископа, который избирался соборным капитулом; ему подчинялся Совет, также избираемый из членов соборного капитула; Совету подчинялся суд. Город только недавно освободился от власти савойских герцогов, но исполнительная власть принадлежала графу Савойскому (позднее герцогу). Женева была крупным торговым центром, привлекавшим большое количество иностранцев, а городская община пользовалась широкими правами самоуправления. Она в 1536 г. добилась независимости при условии соблюдения нейтралитета, однако новый республиканский порядок ещё не успел здесь утвердиться, и на фоне сильного недовольства народа царил дух враждебных партий, которые вели между собой мелочную борьбу за места в Совете. В ещё большем беспорядке находилась церковь. Господствующей религией в Женеве с 1535 г. был признан протестантизм, а собор Святого Петра из католического стал реформатским. Под руководством Гиойма Фареля католическое богослужение было уничтожено, священники и монахи изгнаны, во всех церквах велась евангелическая проповедь. Однако новая протестантская церковь ещё не сложилась: не было ни порядка в богослужении, ни ясной формулы веры. Народ в большинстве своём не знал Евангелия. Как всегда бывает в переходные периоды, произошло резкое падение нравственности, что для Женевы, жители которой и до этого никогда не являлись образцом морали, означало подлинный разгул порока. Кальвин в июле 1536 г. остановился на одну ночь в гостинице Женевы, но его старые парижские друзья сообщили Гийому Фарелю, что в городе появился автор «Наставления в христианской вере», и Фарель просит Кальвина остаться в городе и принять участие в организации новой церкви. Он чувствовал всю шаткость своего положения и отчаянно нуждался в деятельных помощниках. Кальвин долго отказывался от этого предложения, в котором не находил для себя ничего заманчивого, но в конце концов должен был уступить. Он начал с того, что стал читать в соборе Святого Петра лекции о некоторых книгах Нового Завета, отказываясь от официальных должностей, а тем временем осматривался по сторонам. Царивший в женевской церкви беспорядок поразил его. Он писал впоследствии: «Когда я впервые увидел эту церковь, она представляла собой нечто бесформенное. Проповедовали – и это было всё. Разыскивали идолов и сжигали их – и в этом заключалась вся Реформация. Всюду господствовал хаос». В этот хаос Кальвин решил внести порядок. Он приобретает авторитет в городе, получает должность проповедника и жалованье, пишет «Катехизис» – краткое изложение своих взглядов на Реформацию («Катехизис» в 1537 г. был единогласно принят городским Советом, и граждане Женевы начали приносить присягу новой формуле веры).