В отличие от Лютера, Кальвин никогда не рассказывал, каким образом произошло его обращение. Лишь в предисловии к комментарию Псалмов он упоминает о том, что истина сразу как молния озарила его: «И тогда я понял, в какой бездне заблуждений, в какой глубокой тине погрязла до тех пор моя душа. И тогда, о Боже, я сделал то, что было моим долгом, и со страхом и слезами, проклиная свою прежнюю жизнь, направился по Твоему пути». В то время в Париже уже существовала небольшая евангелическая община сторонников Реформации. Сблизившись с этими людьми, Кальвин, несмотря на молодость, вскоре стал их духовным лидером. Он позже вспоминал: «Всё, что было предано новому учению, собиралось вокруг меня, чтобы поучиться у меня, неопытного молодого человека». Первое время протестанты ограничивались тем, что распространяли свои идеи частным образом; потом появилось желание публично и официально заявить о своих взглядах. Повод для такого обращения вскоре представился. В октябре 1533 г. друг Кальвина Николя Коп, избранный ректором Парижского университета, готовился произнести обычную в таком случае публичную речь. Кальвин написал для него небольшое сочинение «О христианской философии», в котором под очень прозрачным покровом проводился основной принцип теологии Лютера – об оправдании верой. Коп 1 ноября 1533 г. зачитал речь Кальвина перед большой и представительной аудиторией. Этот смелый вызов, брошенный католицизму, наделал много шума и сильно повредил делу Реформации: если до этого власти сквозь пальцы смотрели на деятельность протестантов, то теперь на них обрушились преследования. Ректор был вынужден бежать в Базель, против Кальвина как автора речи также было начато преследование. Говорят, что когда полиция пришла его арестовать, он выскочил в окно на улицу и в крестьянской одежде покинул Париж, под чужим именем вёл скитальческую жизнь на юге Франции, а затем (после расклейки в Амбуазе листовки острого антикатолического содержания) вовсе уехал из Франции. В мае 1534 г. Кальвин, став убеждённым протестантом, порвал с католической церковью, отказался от своих приходов, некоторое время жил при дворе Маргариты Наваррской. Та приняла его с большим радушием и сумела уладить дело об университетской речи, а беглец получил разрешение вернуться в Париж. Впрочем, долго оставаться здесь оказалось опасным: там после скандала с распространением протестантской пропаганды в королевском дворце 29 января 1535 г. были сожжены шесть протестантов. Кальвин решил оставить отечество и отыскать какой-нибудь уединённый уголок, где бы он мог в полной безопасности отдаться своим теологическим работам. Он поселяется в Базеле, где жили многие французские эмигранты, живёт под чужим именем, заканчивает свой труд «Наставление в христианской вере», которому было суждено стать самым прославленным и самым читаемым из его творений. Первое издание объёмом 500 страниц было издано в Базеле в 1536 г. Затем одно переиздание следовало за другим, и каждый раз объём книги увеличивался. Кальвин постоянно возвращался к своему любимому труду, шлифуя детали, усиливая доказательства и пополняя пропуски (окончательная дополненная редакция вышла в 1559 г.). «Наставление в христианской вере», бесспорно, является самым выдающимся произведением эпохи Реформации, своего рода «основой основ» всего протестантского мироощущения. Мысль изложить в строгом порядке начала протестантизма явилась уже и до Кальвина. За эту задачу брались такие известные деятели Реформации, как Филипп Меланхтон (1497–1560 гг.), Ульрих Цвингли (1484–1531 гг.) и Гийом Фарель (1489–1565 гг.). Однако ясной, обоснованной в деталях, отчётливой формы веры, способной противостоять создававшейся веками католической доктрине, они так и не смогли построить. Это удалось только Кальвину. Его светлый ум, беспощадная логика позволили ему добиться успеха в том, в чём не смогли преуспеть его старшие годами предшественники. Однако Кальвин не выдвинул принципиально новых идей, а лишь систематизировал идеи Мартина Лютера и Ульриха Цвингли. Основные идеи, изложенные в этом сочинении: каждая церковная община должна пользоваться самоуправлением в делах веры, самостоятельно организовывать своё церковное управление, охранять свою веру. Эта работа создала Кальвину славу одного из крупнейших теологов своего времени.