Мэтью Тиндал утверждал, что Сэмюэл Кларк неправомерно объявляет рациональным то, что никак не выводимо из принципов разума, и подменяет рациональный природный закон иррациональным произволом Божественной воли, не подчиняющейся разуму. Идеи Сэмюэля Кларка оставались предметом обсуждения английских христианских философов и их оппонентов до конца XVIII в., однако снижение интереса к метафизическим построениям постепенно привело к тому, что в XIX в. Сэмюэл Кларк фактически перестал упоминаться в английской литературе за пределами исторических и историко-философских трудов. Уже на рубеже XVIII и XIX вв. влиятельный английский литературный критик и мыслитель Сэмюел Тэйлор Колридж (1772–1834 гг.) назвал Сэмюэля Кларка «переоценённым человеком». Рецепция взглядов Сэмюэля Кларка в немецкой докантовской философии определялась его позицией в дискуссии с Готфридом Лейбницем; для опиравшейся на идеи Готфрида Лейбница вольфианской университетской метафизики концепции Сэмюэля Кларка были лишь показательным примером пагубного влияния на рационализм английского эмпиризма. Вопрос о возможном влиянии идей Сэмюэля Кларка на формирование критической философии Иммануила Канта был предметом дискуссий в исследовательской литературе XX в. Так, Садик Джалал аль-Азм (1934–2016 гг.), сопоставив содержание антиномий Иммануила Канта с идеями Сэмюэля Кларка, выраженными в переписке с Готфридом Лейбницем и в других сочинениях, пришёл к выводу, что основные моменты несогласия Сэмюэля Кларка и Готфрида Лейбница определили предлагаемый Иммануилом Кантом набор антиномий и стали одним из исходных пунктов для кантовской критики рационалистической метафизики. Хотя современные исследователи считают такую точку зрения преувеличением, то, что Иммануил Кант был знаком с перепиской Сэмюэля Кларка и Готфрида Лейбница и внимательно изучил её, не вызывает сомнений. Хотя в трудах Иммануила Канта Сэмюэл Кларк упоминается лишь несколько раз, в ряде случаев Иммануил Кант неявно пользуется аргументами Сэмюэля Кларка, чтобы показать неправомерность претензий вольфианской метафизики на обладание абсолютной рациональной истиной. Идеи Сэмюэля Кларка используются Иммануилом Кантом не в их собственном положительном значении, но как своего рода противовесы для метафизических идей Готфрида Лейбница и его последователей. Наиболее значимый пример такого подхода был выявлен К. Инсолом, который на материале докритических сочинений Иммануила Канта проследил, как, опираясь на учение Сэмюэля Кларка о пространстве и времени, Иммануил Кант постепенно отошёл от представления о пространстве как о материальном отношении и пришёл к идее о том, что пространство и время не объяснимы из материи. Однако, в соответствии с коперникианским переворотом, реальность пространства и времени у Иммануила Канта оказалась не объективной реальностью свойств Бога, а субъективной реальностью необходимых чистых априорных созерцаний. В сочинениях представителей посткантовской немецкой философии XIX в. Сэмюэл Кларк упоминается крайне редко; основоположники немецкого идеализма воспринимали его как убеждённого метафизика и считали его философию ограниченной и устаревшей. Например, Георг Вильгельм Фридрих Гегель (1770–1831 гг.) отмечал, что Сэмюэл Кларк «является знаменитым именем» из-за построенного им доказательства существования Бога, но не рассматривал его взгляды, объявляя их «ходячей рассудочной метафизикой».