В качестве дополнительного аргумента, подтверждающего наличие у Бога свободы воли и действия, Сэмюэл Кларк приводил указание на то, что результаты действия Бога как производящей и целевой причины являются не необходимыми и не бесконечными, какими они были бы, если бы проистекали от природной необходимости, но конечными, что возможно только в том случае, если Бог Своей волей полагает предел Своему бесконечному по могуществу действию. Разум и воля Бога, согласно Сэмюэлю Кларку, совместно действуют в каждом творческом акте. Развивая традиционное космологическое доказательство бытия Божия, Сэмюэл Кларк утверждал, что как простое созерцание творения, так и его научное исследование неизбежно приводят человека к заключению о том, что Творец мира обладает бесконечным могуществом и бесконечной мудростью. Божественная мудрость, будучи свойством бесконечной природы Бога, беспредельна; она не только распространяется на реально существующий мир, но и содержит в себе все возможности: «[Бог] знает все вещи, которые существуют, и равным образом знает все возможности вещей, то есть все результаты, которые только могут быть... В едином безграничном созерцании Он видит все возможные сложения и деления, вариации и изменения, обстоятельства и взаимосвязи вещей, все их возможные отношения друг к другу, их расположенность или пригодность к определённым предначертанным им целям». Высшим проявлением мудрости Бога является управляющий всем мирозданием Промысл, ведущий каждую вещь в отдельности и всё мироздание в целом к наилучшей цели. В заключительном разделе первого трактата «Бойлевских лекций» Сэмюэл Кларк предлагал обоснование так называемых моральных свойств Бога, т.е. Его благости, справедливости и истинности, а также Его заботы о творении в качестве Промыслителя и Судии. Эти свойства, согласно Сэмюэлю Кларку, в отличие от природных свойств Бога не являются необходимыми в абсолютном смысле, однако, тем не менее, суть необходимые следствия неизменной Божественной воли, необходимые проявления совершенства Божественной природы. Сэмюэл Кларк понимал моральные свойства как фундаментальные законы, определяющие содержание всех волевых актов Бога; эти акты являются свободными по своему содержанию, поскольку воля Бога не претерпевает воздействия извне и действует вполне самостоятельно, однако по своей природе они подчинены моральной необходимости, поскольку воля Бога обладает «неизменным постоянством» и никогда не выбирает чего-либо, противоречащего совершенству Его природы. Хотя Бог не по необходимости, а свободно сотворил мир и установил в нём проистекающие из Его благости, справедливости и истины отношения между всеми вещами, эти отношения как отражающие совершенство Божественной природы детерминируют Божественную волю, которая действует в соответствии с установленным ею же порядком. Таким образом, будучи тварными, высшие моральные законы вместе с тем являются вечными и неизменными; в следовании им заключается высшая обязанность воли всех тварных существ, наделённых свободой. Если первый трактат «Бойлевских лекций» был посвящён преимущественно критике атеизма (в широком смысле, т.е. включая пантеизм и материализм), то во втором трактате основными оппонентами Сэмюэля Кларка стали деисты.