Около 345 – 346 гг. под влиянием консолидированного мнения западных епископов, а также после неоднократных призывов папы Римского Юлия и Афанасия I Великого Констант I написал несколько писем Констанцию II, призывая его позволить ранее изгнанным епископам-никейцам вернуться на свои кафедры. Не добившись согласия, Констант I вскоре отправил Констанцию II письмо, в котором начал угрожать брату войной. Текст письма Константа I не сохранился и известен исследователям только по кратким сообщениям церковных историков, но, как полагают исследователи, письмо произвело впечатление на Констанция II и вынудило его согласиться с Константом I ради сохранения союза между императорами. Констанций II позволил Афанасию I Великому, Павлу Исповеднику и некоторым другим иерархам вернуться на Восток и в последующие годы (до гибели Константа I) пошёл на ряд уступок западной проникейской церковной партии в вероучительных вопросах. К донатистам, которых было много в Карфагенской Африке, Констант I в первые годы правления относился лояльно; он был даже более терпимым к их позиции, чем его отец (см. ст. Донатизм). Император Константин I Великий в распоряжениях 320–321 гг. признал право называться православной (кафолической) церковью только за общиной епископа Цецилиана Карфагенского; общины донатистов не признавались таковыми, но и не преследовались. Констант I в начале правления фактически уравнял положение православных и донатистов, так что клир обеих общин пользовался одинаковыми правами, и донатисты даже получали дары от императора. Такое положение сохранялось почти до 348 г., когда сами донатисты спровоцировали новый конфликт с властью. В это время Констант I отправил в Африку своих представителей, нотариев Павла и Макария, для раздачи императорской милости и православной, и донатистской церквам. Однако Донат Карфагенский в своём окружном послании запретил принимать императорские дары. Государственная власть восприняла это как оскорбление её величия и откровенный протест. В ответ на него Констант I восстановил закон против донатистов 316 г. В пользу православной церкви было предписано конфисковать у донатистов не только базилики, но и храмовое имущество. Более того, чиновникам на местах разрешалось прибегать для наказания несогласных не только к ссылкам и изгнаниям, но и к более жёстким мерам, вплоть до смертных казней. Исполнение закона против донатистов было возложено на того же императорского нотария Макария. Возмущение донатистов в Карфагене и других крупных городах было подавлено довольно быстро; исследователям известно, что в это время пострадали Исаак и Максимиан, казнённые в Карфагене и признанные мучениками общиной донатистов, епископ Донат был изгнан из Карфагена, а его сторонники остались в меньшинстве на окраине африканских провинций. Православная Североафриканская церковь во многом превосходила их по численности верующих. Около 348 г. Карфагенский епископ Грат созвал Собор, на котором были приняты решения по реорганизации церкви в новых условиях и об отношении к донатистам, массово переходившим в православие (см. ст. Карфагенские Соборы). Но в это время в Нумидии началась настоящая религиозная война донатистов, опиравшихся на племена берберов, с римскими властями. Отношение Константа I к языческим культам оставалось довольно терпимым, меры по их ограничению были, в основном, формальными. В эдикте 341 г. (повторен в 346 г.) Констант I объявил о запрете языческих жертвоприношений (он считал необходимым закрывать, но не разрушать древние храмы в Риме).