Убеждённый в необходимости реформирования духовной школы, П.П. Кудрявцев возглавил левое крыло профессуры Киевской духовной академии, которое боролось за предоставление духовным академиям права на самоуправление, за реализацию принципов выборности академического руководства и свободу научного исследования; входил в комиссию по составлению проекта временных изменений устава православных духовных академий (октябрь 1905 г.), на основе которых Синод утвердил временные правила, регламентировавшие духовно-академическую жизнь с 1905 по 1909 гг., участвовал в разработке проекта нового устава православных духовных академий (февраль 1906 г.); вошёл в избранную 4 апреля 1917 г. Советом Киевской духовной академии комиссию для составления отзыва на определение Синода от 24–27 марта 1917 г. о временных правилах для духовных академий. Был членом Комиссии делегатов от всех академий, созванной Синодом с целью пересмотра действующего устава (8 мая – 5 июля 1917 г.); комиссия разработала проект временного устава православных духовных академий (утверждён Синодом в июле 1917 г.). В мае 1918 г. по поручению Василия Васильевича Зеньковского, министра исповеданий правительства гетмана Павла Петровича Скоропадского, организовал из профессоров Киевской духовной академии комиссию, которая выработала на основе проекта временного устава православных духовных академий проект временного устава Киевской духовной академии. Был членом созданной Советом Киевской духовной академии 10 сентября 1918 г. комиссии по вопросу о введении нового устава и способах применения его в академической жизни. 11 апреля 1918 г. Советом Киевской духовной академии делегирован на первый съезд представителей высших школ Украины (14–17 апреля 1918 г.), созванный по инициативе Совета университета святого Владимира для решения вопросов, связанных с правовыми и финансовыми затруднениями, которые переживали в то время высшие школы. В 1917–1918 гг. П.П. Кудрявцев принимал активное участие в церковной и общественно-политической жизни России. Выступал за церковные реформы, направленные на широкое привлечение мирян и низшего духовенства к управлению через систему церковных советов; был делегатом Киевского епархиального съезда (12–18 апреля 1917 г.), на котором избран членом созданного на съезде епархиального совета (высшего епархиального органа при архиерее). Был делегатом от Киевской духовной академии Киевского епархиального Собора (май 1918 г.), созванного для выборов Киевского митрополита (вместо убитого митрополита Владимира (Богоявленского)). Советом Киевской духовной академии делегирован на Всероссийский поместный Собор (1917–1918 гг.), вошёл в состав Предсоборного совета; 10 июля 1917 г., во время заседания его шестого отделения (по делам веры и богослужения, о единоверии и старообрядчестве), произнёс доклад по вопросу о совершении богослужения на русском и украинском языках.