Первый устав семинарии составил генеральный настоятель Ордена Диего Лайнес; непосредственное участие в организации Римской семинарии принимал кардинал Карло Борромео. 31 августа 1552 г. по инициативе Игнатия Лойолы и кардинала Джованни Мороне папа Римский Юлий III (1550–1555 гг.) буллой «Dum sollicita» учредил Германскую коллегию (Германикум; Collegium Germanicum) – первую национальную папскую коллегию в Риме, созданную для подготовки студентов из немецкоязычных стран; в деятельности Германской коллегии особое внимание уделялось борьбе с Реформацией и протестантским влиянием. В 1580 г. папа Римский Григорий XIII (1572–1585 гг.) объединил Германскую коллегию с созданной в 1578 г. по инициативе иезуита Иштвана Санто Венгерской коллегией (Collegium Hungaricum) в единую Германо-Венгерскую папскую коллегию (Pontificium Collegium Germanicum et Hungaricum). Студенты Германо-Венгерской коллегии как правило обучались в папском Григорианском университете, в настоящее время часть студентов учится и в других папских университетах. В 1578 г. кардинал Уильям Аллен отправил в Рим некоторых студентов из организованной им для английских католиков семинарии в Дуэ (Северная Франция); в 1579 г. папа Григорий XIII учредил в Риме, на базе построенного в XIV в. приюта для английских паломников, Английскую коллегию (Collegium Anglorum). По образцу Германо-Венгерской и Английской коллегий Григорий XIII создал Греческую коллегию святителя Афанасия (для подготовки католических клириков византийского обряда; 1577 г.), Польскую (1582–1584 гг.) и Маронитскую (для подготовки клириков Маронитской католической церкви; 1584 г.) коллегии. Позднее были открыты Шотландская (1600 г.) и Ирландская (1628 г.) папские коллегии. В 1627 г. для подготовки клириков-миссионеров из разных стран папа Римский Урбан VIII (1623–1644 гг.) основал коллегию Конгрегации пропаганды веры (Collegium Urbanum; в 1962 г. преобразована в папский Урбанианский университет). С роспуском Ордена иезуитов (1773 г.) деятельность большинства папских коллегий в Риме была приостановлена. Их положение осложнилось после провозглашения Римской республики (1798–1799 гг.) и в ходе наполеоновских войн; многие коллегии лишились своих зданий. Полноценная деятельность папских коллегий возобновилась лишь с восстановлением Ордена иезуитов в 1814 г. Папа Римский Григорий XVI (1831–1846 гг.) вернулся к практике создания национальных папских коллегий, учредив в 1844 г. Бельгийскую коллегию. Папа Пий IX (1846–1878 гг.) возобновил работу Польской коллегии (1866 г.) и открыл коллегию для бывших англиканских клириков, перешедших в католицизм (коллегия св. Беды Достопочтенного; 1852 г.), Французскую коллегию (Французская семинария, 1853 г.), коллегии для латиноамериканских студентов (Collegium Pio-Latino-Americanum; 1858 г.) и для североамериканских студентов (Collegium Civitatum Foederatarum Americae Septemtrionalis; 1859 г.).