В апреле 1966 г. Кирилл VI направил в Москву епископа Самуила для участия в Христианской мирной конференции в Троице-Сергиевой лавре. В сентябре того же года делегация Русской православной церкви во главе с епископом Подольским Владимиром (Котляровым) посетила Египет в связи с участием в юбилейных торжествах в честь 1400-летия основания монастыря великомученицы Екатерины на Синае, была принята Кириллом VI в его резиденции в Александрии. В 1060 гг. Коптская церковь начала активную миссионерскую деятельность на Африканском континенте. Это нашло отражение в официальном титуле патриарха, который с 1965 г. стал именоваться «Его Святейшество патриарх Кирилл VI, папа Александрии и всей Африки». Одновременно патриархат принимал меры по духовному окормлению многочисленной коптской диаспоры: были созданы церковные приходы в США, Канаде, Австралии и других странах. Обширная международная деятельность и поддержка египетских властей позволили Коптской церкви с размахом провести в июне 1968 г. масштабные мероприятия в честь 1900-летней годовщины мученической кончины апостола Марка. Торжества имели национальный характер и широко освещались египетскими и зарубежными СМИ. В Каир прибыли 172 зарубежные делегации, в том числе от Русской православной церкви во главе с архиепископом Минским и Белорусским Антонием (Мельниковым). 25 июня Кирилл VI вместе с президентом Г.А. Насером и императором Хайле Селассие I открыл новопостроенный собор святого Марка, для которого Русская православная церковь преподнесла в дар позолоченный престол. На следующий день Кирилл VI отслужил в соборе литургию в ознаменование возвращения в Египет из Венеции частицы мощей апостола Марка. Другое важнейшее событие в жизни Коптской церкви в годы патриаршества Кирилла VI – явление Пресвятой Богородицы в Эз-Зейтуне (2 апреля 1968 г. – 29 мая 1971 г.). 23 апреля 1968 г. Кирилл VI сформировал комиссию для исследования свидетельств и 4 мая на пресс-конференции огласил выводы, официально подтверждающие явление Пресвятой Богородицы. Кирилл VI был погребён в соборе святого Марка, в ноябре 1972 г. перезахоронен, согласно завещанию, в монастыре великомученика Мины. После его смерти были изданы многочисленные посвящённые ему сочинения агиографического характера, возникло общество «Чада папы Кирилла VI». Многие копты ждали наступления 2021 г., чтобы в соответствии с коптской традицией через 50 лет после смерти праведника начать процесс его канонизации.