В апреле 1959 г. делегаты Синода и коптской светской организации Совет общины (Маджлис аль-милли) собрались на выборы трёх кандидатов на патриаршество. После ожесточённых прений 22 из 24 членов совета и пять епископов отказались голосовать в знак несогласия с возрождением прерванной в XX в. коптской традиции избирать патриарха из числа простых монахов. 17 апреля 1959 г. в соборе святого Марка пятилетний мальчик вытянул один из трёх жребиев – с именем Мины. При интронизации новый патриарх принял имя Кирилл, обозначив тем самым, что будет продолжать политику «отца реформ» Кирилла IV (1854–1861 гг.). 1960 гг. считаются в коптской историографии эпохой «пробуждения», духовного обновления Коптской церкви; огромную роль в этом процессе сыграл Кирилл VI. Коррупции и симонии он противопоставил нестяжательство и аскезу, оторванности высшего клира от простых священников и прихожан – близость к пастве и доступность в отношениях со священнослужителями. Личность Кирилла VI, при жизни заслужившего репутацию святого, притягивала и нецерковных людей. Реформаторская деятельность патриарха проходила под лозунгом возврата к традициям ранней церкви, на деле же происходил синтез древних коптских канонов и современного опыта европейских христиан. При Кирилле VI произошло оживление монашеской жизни. Вдохновлённые примером патриарха сотни молодых коптов избрали путь отречения от мирской жизни. Кирилл VI уделял монашеским обителям особое внимание. Вскоре после интронизации, в июне 1959 г., патриарх во главе нескольких сот единоверцев совершил паломничество к мощам великомученика Мины в руинах Абу-Мина близ Александрии. Рядом с этим местом он заложил первый камень в основание монастыря святого Мины (в настоящее время – один из самых известных в Египте). В стране развернулось активное церковное строительство. Только в Каире и Александрии за время патриаршества Кирилла VI было освящено больше сорока церквей, в том числе крупнейший христианский храм на Африканском континенте – собор святого Марка в каирском районе Эль-Эзбекия (1968 г.). Рост количества церквей и монастырей сопровождался расцветом церковной науки. Кирилл VI всемерно поощрял как богословские исследования, так и научные работы по коптской истории, филологии, искусствоведению. Для коптских священников стало обязательным получение высшего духовного образования. Многократно возросла роль Коптской церкви в общественной жизни Египта. После того как в 1962 г. указом президента Гамаля Абделя Насера (1956–1970 гг.) Совет общины был распущен, патриарх стал единственным представителем общины перед властями. Новые задачи побудили Кирилла VI принять беспрецедентное для Коптской церкви решение учредить четыре епископства без приходов: по социальному служению, по делам религиозного образования, по высшим коптским исследованиям, по экуменическим связям. Кирилл VI поддерживал хорошие личные отношения с Г.А. Насером, которые не испортила даже затронувшая церковное имущество национализация.