В последующих переработках и переизданиях «Римского Мартиролога» имя Климента Александрийского также отсутствовало; упорное нежелание Римских пап вносить его память в официальный мартиролог исследователи объясняют тем, что авторитетные католические теологи, отчасти опираясь на мнение Константинопольского патриарха Фотия и «Декрет о принимаемых и не принимаемых книгах», а отчасти самостоятельно изучая уже опубликованные к этому времени на греческом и латинском языках сочинения Климента Александрийского, указывали на наличие у него ошибочных с богословской точки зрения мнений. Так, Цезарь Бароний (1538–1607 гг.) и кардинал Роберто Белларимини (1542–1621 гг.) прямо ссылались на «Декрет о принимаемых и не принимаемых книгах»; Дени Пето (1583–1652 гг.) приводил в качестве ошибочного утверждение Климента Александрийского о том, что Сын имеет природу, наиболее близкую к Отцу, отмечая, что это «заблуждение платоников и ариан». Кроме того, сочинения Климента Александрийского пытались использовать в полемике с католиками протестантские богословы; например, Матиас Флаций Иллирик (1520–1575 гг.) утверждал, что сочинения Климента Александрийского подтверждают отсутствие в древней христианской церкви учения о мессе как жертве, о священническом целибате, о папском примате и т.п. В действительности число тезисов, которые протестанты могли заимствовать из сочинений Климента Александрийского для поддержки собственных взглядов, было сравнительно невелико, и значительной популярности у основоположников протестантизма его произведения не имели; однако даже редких упоминаний было достаточно для того, чтобы вызвать недовольство католических богословов и побудить их к придирчивому рассмотрению извлечённых из сочинений Климента Александрийского спорных положений, в результате которого нередко отмечались его расхождения с католическим вероучением. Окончательное решение по вопросу о святости Климента Александрийского было принято папой Римским Бенедиктом XIV (1740–1758 гг.), который сформулировал официальную позицию католической церкви в апостольском послании «Postquam intelleximus» от 1 июля 1748 г. Послание было опубликовано в подготовленном по указанию папы новом исправленном издании «Римского Мартиролога» («Martyrologium Romanum». Romae, 1749 г.) и включалось в большинство последующих переизданий; формально оно адресовано королю Португалии Жуану V (1706–1750), который, руководствуясь политическими мотивами, упрекал Римских пап в произвольном изменении списка почитаемых святых. В послании папа Бенедикт XIV после пересказа мнений древних и новых теологов о Клименте Александрийском приводил основания, препятствующие включению Климента Александрийского в список святых: 1) отсутствие сведений о жизни и нравах Климента Александрийского, которые подтверждали бы его святость; 2) отсутствие реликвий Климента Александрийского и сведений о любых формах молитвенного почитания его в древности как в Восточной, так и в Западной церкви; 3) наличие свидетельств древних (Фотий, Кассиодор) и новых (Д. Пето, Р. Беллармин) церковных писателей об ошибочности некоторых богословских утверждений Климента Александрийского; 4) отнесение сочинений Климента Александрийского к апокрифам в «Декрете о принимаемых и не принимаемых книгах»; 5) отсутствие имени Климента Александрийского во всех древних мартирологах за исключением «Мартиролога» Узуарда.