В случае принятия этой гипотезы сообщение о том, что Пантен был учеником Климента Александрийского, может быть объяснено тем, что в действительности они оба были учениками Афинагора, однако для создания школьного преемства историкам требовалось некоторым образом их упорядочить. Из «Церковной истории» епископа Евсевия Кесарийского и сообщений византийских хронистов исследователи сделали вывод, что Климент Александрийский и Пантен жили и учили в Александрии в одно и то же время. Исследователи полагают, что Пантен учился у Афинагора и обратился в христианство раньше Климента Александрийского, который познакомился с Пантеном уже после прибытия в Александрию и в течение некоторого времени посещал его беседы после смерти Афинагора, вследствие чего и называл его учителем. Наиболее серьёзным возражением против этой гипотезы исследователи считают указание на отсутствие в сочинениях Климента Александрийского, Оригена и других представителей Александрийской школы каких-либо упоминаний об Афинагоре и цитат из его сочинений; Евсевий Кесарийский в «Церковной истории» также вовсе не упоминает о нём. Вместе с тем с доктринальных точек зрения серьёзных разногласий между богословским учением Афинагора и взглядами Климента Александрийского исследователи не видят; более того, в некоторых вопросах, например, в оценке учения греческих философов о Боге, их мнения исследователи находят весьма близкими. Наряду с попытками примирить и согласовать сообщения Евсевия Кесарийского и Филиппа Сидского в современной науке существует и более радикальная позиция, сторонники которой полагают, что противоречивость сообщений о первых александрийских дидаскалах обусловлена отсутствием у древних церковных историков каких-либо надёжных сведений об Александрийской школе до времени преподавания в ней Оригена. По мнению ряда исследователей, епископ Евсевий Кесарийский и Филипп Сидский в разной форме, но одинаково некорректно экстраполировали имевшиеся у них сведения об Александрийской школе при Оригене и последующих дидаскалах на предшествующий исторический период и таким образом создали фиктивное преемство дидаскалов до Оригена. Тем самым противоречивость источников и недостаток фактической информации подводят исследователей к вопросу о статусе Пантена и Климента Александрийского как христианских учителей, о природе и содержании их учительной деятельности в Александрии и об отношении их к местным церковным властям. Предложенные в современной науке решения задаваемой этими вопросами второй проблемы истории Александрийской школы могут быть обобщены в виде трёх основных гипотез. Сторонники традиционной первой гипотезы полагают, что все свидетельства епископа Евсевия Кесарийского об Александрийской школе являются заслуживающими доверия, и утверждают, что александрийские дидаскалы были подчинены местным церковным властям, т.е. Александрийским епископам, и исполняли церковное служение учителей, катехизаторов и толкователей Священного Писания в рамках специального церковного учреждения.