Наиболее активный творческий период Фотиса Кондоглу – 1950 гг.: он создал много икон (например, в 1955 г. – больше 70), расписывал храмы: в 1948 г. – великомученицы Екатерины при больнице «Красный Крест» (восточная стена над апсидой), в 1950 г. – апостола Андрея Первозванного в Като-Патисии и великомученицы Варвары в Эгалео (северная и западная стены), в 1953–1954 гг. продолжил росписи Капникареи. Фотис Кондоглу известен как публицист и популяризатор византийского наследия. С 1950 г. сотрудничал в газете «Элефтерия», в разделе «Воскресные темы» помещал свои рассказы о морских и других приключениях, о православных традициях, праздниках, писал на патриотические темы. Кроме того, в 1952–1954 гг. вместе с богословом Василисом Мустакисом выпускал ежемесячную брошюру «Кивот», призывающую к борьбе за православные ценности. В 1952 г. Фотис Кондоглу перевёл на греческий язык сочинение Леонида Александровича Успенского «Икона: Несколько слов о ее догматическом значении». В круг соратников и учеников Фотиса Кондоглу входили Никос Энгонопулос, Янис Царухис, Г. Глиатас, Я. Терзис, П. Вабулис, Р. Копсидис, К. Георгакопулос, С. Папаниколау, П. Одабасис, Д. Сендукас (или Дукас), К. Ксинопулос, Й. Хохлидакис, Н. Иоанну и др. Вместе с помощниками он расписывал столичные церкви: парекклисион великомученика Георгия Победоносца под церковью равноапостольного Константина близ площади Омония (1952 г.), священномученика Харалампия близ Педион-Ареоса (1954–1958 гг.), великомученика Георгия Победоносца в Кипсели (1954–1961 гг., впервые использовал золотой фон), Николая Чудотворца в Като-Патисии (1957–1962 гг.), домовые церкви семей Патерасов в Психико (1958–1959 гг.), Камбанисов в Пикерми (1960 г.) и Гуландрисов в Экали (1961 г.), парекклисион святого Герасима в Афинской поликлинике (1965 г.), а также некоторые провинциальные храмы: например, Благовещения Пресвятой Богородицы в Родосе на одноимённом острове (1952 г.) и великомученика Георгия Победоносца в Стемнице (1953 г.). Кроме того, Фотис Кондоглу выполнил отдельные композиции в церкви великомученика Артемия в Гуве (1951 г.) и кафоликоне монастыря Пендели (1955 г.). По его эскизам были расписаны некоторые храмы не только в Греции, но и за рубежом (например, церковь Святой Троицы в Чарлктоне, США). Свой опыт иконописца Фотис Кондоглу обобщил в двухтомной книге «Изложение православной иконописи» (1960 г.), которая до настоящего времени используется иконописцами в качестве руководства. Исследователи отмечают, что для Фотиса Кондоглу характерно особое внимание к иконографии и к Житиям святых. Многие Жития пересказаны им трогательно и назидательно (книги «Незыблемая основа», «Смиренные гиганты» и др.), к другим он написал предисловия («Житие праведного Николая Планаса») или раздел о чудесах («Житие праведного Иоанна Русского»). В 1962 г. издательство «Астир» начало публиковать десятитомное собрание сочинений Фотиса Кондоглу. В его литературном творчестве на протяжении многих лет основными оставались две темы – Византия и морские приключения. Просветительская деятельность Фотиса Кондоглу была нацелена на освоение византийского наследия и ознакомление с ним греческой аудитории, подбор сведений и способ их изложения имели задачи приобретения православным читателем не только знаний, но и душевной пользы. В последние годы жизни Фотис Кондоглу продолжал публицистическую деятельность, в том числе печатал статьи в газете «Орфодоксос Типос», издавал брошюры против экуменизма и церковного модернизма; в декабре 1963 г. и апреле 1965 г. опубликовал два открытых письма Константинопольскому патриарху Афинагору. В 1960 гг. Фотис Кондоглу был удостоен премии писателей и художников Афинской Академии Наук и ордена Феникса. После травм, полученных в автомобильной аварии в 1963 г., для Фотиса Кондоглу начался период болезней. Он похоронен на первом кладбище Афин, впоследствии останки были перенесены в монастырь святой Параскевы в Неа-Макри.